针对您提出的“楼顶加层侵权怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律与规划的重要议题。以下是我为您详细梳理的处理流程与法律依据，希望能为您提供清晰的指导。
一、确认加层是否违法
首先，需要确认楼顶加层是否未经规划部门批准，即是否属于违法建设。如果加层行为未获得相关部门的许可，那么这一行为就构成了违建，可能侵犯了其他业主的合法权益以及公共利益。
二、主要处理方式
责令停止建设：
- 一旦发现违建加层行为，相关部门（如城市规划部门、城管执法部门等）会立即下达责令停止建设的通知。这是为了防止违建行为进一步扩大，减少后续处理的难度和成本。
限期拆除：
- 如果加层建筑严重违反了城乡规划，且无法通过改正措施消除对规划实施的影响，相关部门将责令违建者在规定期限内自行拆除违法加层部分。拆除期限会根据实际情况合理确定，以确保违建者有足够的时间进行拆除工作。
- 若逾期未拆除，相关部门可能会采取更严厉的强制措施，如组织强制拆除等。
没收实物或违法收入：
- 对于某些特殊情况下不能拆除的违建加层（如拆除可能对公共利益造成重大损害），相关部门将依法没收违法加层建筑实物或违建者因加层所获得的违法收入。
- 同时，还可能并处建设工程造价一定比例（通常不超过10%）的罚款，以增加违法成本，遏制违法行为。
罚款：
- 罚款通常与其他处罚措施并用，根据违法加层的建设工程造价的一定比例（一般在5%-10%之间）来确定罚款数额。这是通过经济制裁手段来增加违法成本，从而遏制违建行为。
三、法律依据与程序保障
- 核心法规：处理违建加层的主要法律依据是《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条。该条款明确规定了违建加层的处罚措施，包括责令停止建设、限期改正、限期拆除、没收实物或违法收入以及罚款等。
- 拆除程序：在拆除违法建筑物时，行政机构必须遵循严格的法定程序。这包括调查取证、立案告知、审核决定以及强制执行等阶段。这些程序确保了执法的合法性和公正性，保护了违建者的合法权益。
四、法律救济途径
- 如果违建者对处罚决定不服，他们有权在规定时间内通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。这体现了法律对公民权利的尊重和保护，也为违建者提供了一个合理的申诉渠道。
五、建议与总结
- 遵守法律法规：建议广大市民在进行房屋建设时务必遵守相关法律法规，确保建设活动的合法性和合规性。这不仅可以避免不必要的法律风险和经济损失，还可以维护良好的社区环境和公共利益。
- 积极配合整改：对于已存在的违建加层问题，违建者应积极配合相关部门的整改要求，及时采取措施纠正违法行为。这不仅可以减少后续处理的难度和成本，还可以体现违建者的法律意识和责任感。
综上所述，处理楼顶加层侵权问题需要依据相关法律法规和程序进行。如果您或您身边的人遇到了类似问题，建议及时咨询专业律师或相关部门以获取更具体的法律建议和指导。