针对您提出的“实习期内单位以合格率不达标扣钱是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，工资是用人单位使用劳动者的劳动力所必须支付的报酬。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位不得无故克扣或者拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者权益的基本原则。

接下来，我们针对您提到的“合格率不达标扣钱”这一具体情形进行分析。在一般情况下，用人单位以员工考核未达标（如合格率不达标）为由克扣工资，是违法的。因为工资是劳动者应得的报酬，与考核结果无直接关联，除非双方在劳动合同中有明确的约定，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定。

然而，也存在一些特殊情况。如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了考核标准及未达标时的工资扣减方式，并且这种约定是合法、合理且经过劳动者确认的，那么在这种情况下，用人单位可能可以根据合同约定对工资进行一定程度的扣减。但即便如此，扣减的幅度和方式也必须符合法律法规的规定，不能超出合理范围，也不能损害劳动者的基本权益。

此外，对于试用期内的员工，虽然试用期是企业与员工之间的双向考察期，但试用期并不是企业的“免责金牌”。用人单位在试用期内解除劳动合同或扣减工资，也必须提供充分的证明，并且符合法律法规的规定。例如，如果用人单位以“不符合录用条件”为由解除劳动合同，必须确保录用条件在用工之前已经明确告知劳动者，并且考核过程公正、透明、合法。

针对您的情况，如果单位在实习期内以合格率不达标为由扣钱，您首先需要查看劳动合同中是否有相关约定。如果没有约定或者约定不明确，那么单位的这种做法很可能是违法的。您可以与单位进行沟通协商，要求单位提供合法的扣减依据和证明。如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，实习期内单位以合格率不达标扣钱是否合法，取决于劳动合同中的约定以及扣减的合法性和合理性。在没有明确约定或约定不合法的情况下，单位的这种做法是违法的。建议您根据自身情况采取相应的措施来维护自己的权益。