在行政协议纠纷案件中，利息损失的计算标准需根据具体情形确定，主要分为以下几种情况：

1. 协议有明确约定
   若行政协议中已明确约定利息计算方式（如固定利率、浮动利率、违约金条款等），且该约定不违反法律强制性规定，则应优先适用协议约定。例如：协议约定“逾期付款按日万分之五计息”，则利息损失按该标准计算。
   法律依据：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。若协议约定合法有效，利息损失按约定执行。

2. 协议无约定或约定不明
   若协议未约定利息或约定不明确，则需根据法律规定或司法实践确定计算标准：

   • 参照民间借贷利率上限：若行政协议性质接近民事合同（如政府采购合同），可参照《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》中的利率上限（当前为一年期LPR的4倍）。但需注意，行政协议与纯民事合同存在本质区别，此标准仅作参考。
     
   • 参照金融机构贷款利率：若协议涉及资金占用（如土地出让金、补偿款延迟支付），可参照中国人民银行同期同类贷款利率或全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率（LPR）计算。
     
   • 法定孳息原则：根据《民法典》第九百八十五条，利息损失属于法定孳息，若因行政机关违约导致资金被占用，可主张按实际占用期间计算利息，标准通常为LPR。
     

3. 行政机关违法导致损失扩大
   若行政机关因故意或重大过失导致利息损失扩大（如拖延履行、拒绝履行且未及时补救），法院可能根据《民法典》第五百八十四条，在合理预见范围内支持更高标准的利息损失赔偿，但需以实际损失为限。

实务建议：

• 协议签订时，建议明确约定利息计算方式（如“逾期付款按LPR的1.5倍计息”），避免争议。
  
• 争议发生后，及时固定证据（如协议文本、付款记录、催告通知等），证明利息损失与行政机关违约行为的因果关系。
  
• 若涉及复杂情形（如协议性质认定、利率标准适用），建议结合具体案情咨询专业律师，制定诉讼策略。
  

如有进一步疑问，可直接向我提问，我将结合具体案情提供详细分析。