行政协议违法投入资金的利息计算需结合具体违法情形、责任性质及法律规定综合判定，核心结论如下：

1. 若行政协议因行政机关违法导致无效或被撤销，利息计算通常以“填补损失”为原则
   根据《民法典》第157条及《行政协议司法解释》第15条，行政协议被确认无效或被撤销后，行政机关因违法行为给相对人造成损失的，应赔偿相对人因协议投入资金产生的合理利息损失。利息计算标准通常参照中国人民银行同期同类贷款基准利率（或LPR利率），但需注意：

   • 若相对人能证明实际损失高于基准利率（如通过其他融资渠道产生更高利息），可主张按实际损失计算；
     
   • 若行政机关存在恶意或重大过错，法院可能酌情提高利息标准（如上浮30%-50%），但需以实际损失为限。
     

2. 若行政协议因相对人违法导致无效或被撤销，利息可能不予支持或仅支持部分
   若协议无效或被撤销系因相对人提供虚假材料、隐瞒重要事实等违法行为导致，根据《民法典》第157条“过错相抵”原则，法院可能驳回利息请求，或仅支持资金占用期间的最低利息损失（如活期存款利率），以体现对违法行为的惩戒。

3. 利息计算期间需明确起止点

   • 起始点：通常为资金实际投入之日（如转账凭证记载日期）；
     
   • 终止点：一般为协议被确认无效或被撤销之日，或行政机关实际返还资金之日（若延迟返还，可能需计算至实际返还日，但需以相对人主张为前提）。
     

实务建议：

• 保留资金投入凭证（如转账记录、发票）、协议文本、行政机关违法证据（如处罚决定、批复文件）；
  
• 若涉及复杂利息计算（如分段计息、复利），建议委托专业机构出具鉴定意见；
  
• 行政协议纠纷通常需先通过行政复议或行政诉讼确认协议效力，再另行主张赔偿，需注意程序衔接。
  

如有具体案件细节（如协议类型、违法情形、资金规模等），可进一步向我咨询，我会结合案例为您详细分析。