偷拿别人银行卡并办理转账100万元，即使已退还100万元，报警后仍然有可能立案。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律定性

1. 盗窃罪的构成：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条的规定，盗窃罪是指以非法占有为目的，盗窃公私财物数额较大或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的行为。
   • 在此案例中，偷拿别人银行卡并办理转账，实际上是以非法占有为目的，秘密窃取他人财物（即银行卡内的资金）的行为，符合盗窃罪的构成要件。

2. 数额的认定：

   • 转账金额达到100万元，显然属于“数额较大”的范畴，甚至可能达到“数额特别巨大”的标准，具体根据当地的经济水平和司法实践来确定。
   • 即使事后退还了全部款项，这只能作为量刑时的考虑情节，如酌情从轻或减轻处罚，但并不影响盗窃罪的成立。

二、立案的可能性

1. 报警后的处理流程：

   • 受害者报警后，公安机关会进行初步调查，包括询问受害者、调取相关证据（如银行转账记录、监控录像等）。
   • 如果公安机关认为有犯罪事实发生，且需要追究刑事责任，就会依法立案侦查。

2. 立案的条件：

   • 立案的条件是“有犯罪事实需要追究刑事责任”。在此案例中，偷拿银行卡并转账100万元的行为显然构成犯罪事实，且需要追究刑事责任。
   • 退还款项并不影响立案的决定，因为立案是基于犯罪事实的存在，而不是基于犯罪后的赔偿情况。

三、可能的法律后果

1. 刑事处罚：

   • 如果构成盗窃罪，且数额巨大，可能会面临较重的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等。
   • 退还款项可以作为量刑时的从轻或减轻情节，但并不能完全免除刑事责任。

2. 其他法律后果：

   • 除了刑事处罚外，还可能面临民事赔偿的责任，如赔偿受害者因转账而产生的其他损失（如手续费、利息等）。
   • 如果行为人还有其他违法行为（如伪造银行卡、使用虚假身份信息等），还可能面临其他相关法律的制裁。

四、建议

1. 立即自首：

   • 如果行为人已经意识到自己的错误，建议立即向公安机关自首，并如实供述自己的罪行。自首是法定的从轻或减轻处罚情节，有助于减轻法律后果。

2. 积极赔偿：

   • 除了退还已转账的款项外，还应积极赔偿受害者因转账而产生的其他损失，以体现悔罪态度。

3. 咨询专业律师：

   • 在此过程中，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和辩护策略。

综上所述，偷拿别人银行卡并办理转账100万元，即使已退还100万元，报警后仍然有可能立案。行为人应立即自首、积极赔偿，并咨询专业律师以获取法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。