结论前置：合同未约定质保金，后期留质保金是否合理需分情况讨论，具体如下：

1. 若双方协商一致，后期留质保金合理且合法
   根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可以变更合同。若合同履行过程中双方通过补充协议、会议纪要、书面确认函等形式明确约定增设质保金条款（包括质保金比例、支付方式、扣留期限等），该约定视为对原合同的合法变更，对双方具有约束力。此时后期留质保金的行为具备合同依据，合理且合法。
   实务建议：变更合同需采用书面形式，避免口头约定；补充协议应明确质保金的具体条款（如比例不超过工程价款结算总额的3%，依据《建设工程质量保证金管理办法》第七条），并约定争议解决方式。

2. 若未协商一致，单方扣留质保金可能构成违约
   若一方未经对方同意，在合同未约定质保金的情况下，以“行业惯例”“保障质量”等理由单方扣留款项，可能违反《民法典》第五百七十七条关于“全面履行合同义务”的规定。此时对方有权要求返还扣留款项，并可能主张逾期付款违约金或赔偿损失。
   例外情形：若合同虽未明确约定质保金，但约定了“质量保证条款”（如“验收合格后一年内出现质量问题，卖方需免费维修”），且买方因卖方未履行维修义务而扣留部分款项作为“质量担保”，此时扣留行为可能因符合合同目的而被认定为合理，但需满足以下条件：

   • 扣留金额与维修成本相当；
     
   • 扣留前已书面通知卖方并给予合理履行期限；
     
   • 扣留行为未超出必要限度。

3. 行业惯例的适用需谨慎
   若合同未约定质保金，但一方主张“行业惯例要求留质保金”，需满足《民法典》第十条关于“习惯”适用的条件：

   • 惯例需在特定行业或地区被普遍遵守；
     
   • 当事人订立合同时已知或应知该惯例；
     
   • 惯例不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗。
     风险提示：司法实践中，法院对“行业惯例”的认定较为严格，若一方仅以“其他项目都留质保金”为由主张惯例，可能因缺乏普遍性或未明确告知对方而被驳回。

实务操作建议：

• 对发包方/买方：若需留质保金，应在合同签订阶段明确约定条款；若合同已签订，应及时与对方协商补充协议，避免单方扣留引发纠纷。
  
• 对承包方/卖方：若对方未协商即扣留质保金，可先书面催告返还，并保留合同、履约证据；若对方拒绝，可依据《民事诉讼法》第一百二十二条向法院起诉，主张返还款项及利息。
  

如有具体合同条款或纠纷场景，可进一步向我咨询，我将结合细节提供针对性分析。