医院入职扣留证书原件是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这里的“其他证件”包括但不限于学历证书、职业资格证书等。因此，医院作为用人单位，在入职时扣留你的证书原件，显然违反了这一法律规定。

实际操作与风险角度

1. 证书原件的重要性：证书原件是证明你具备相应资质和能力的重要文件，对于你的职业发展至关重要。扣留证书原件可能会限制你的职业选择和发展空间，甚至可能影响你的合法权益。
2. 潜在风险：如果医院扣留了你的证书原件，而你又因某种原因需要离职或跳槽，那么证书的归还可能会成为一大难题。这不仅可能给你带来不必要的麻烦和损失，还可能影响你的职业声誉和信誉。

建议与措施

1. 与医院沟通：首先，你可以尝试与医院的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确表达你的担忧和不满，并要求医院立即归还你的证书原件。
2. 寻求法律援助：如果医院拒绝归还或态度强硬，你可以考虑寻求法律援助。你可以咨询我，我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。
3. 向相关部门投诉：你还可以向当地的劳动监察部门或相关行业协会进行投诉，反映医院扣留证书原件的违法行为，并要求相关部门进行调查和处理。

总结来说，医院入职扣留证书原件是不合法的，这不仅违反了法律规定，还可能给你带来不必要的麻烦和损失。如果你遇到了这种情况，建议及时与医院沟通并寻求法律援助，以维护自己的合法权益。如果你还有其他劳动工伤方面的问题，也可以直接向我咨询。