员工代为保管客户货款是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情况
公司明确授权：如果公司有明确的规章制度或授权文件，允许员工在特定情况下代为保管客户货款，并且员工在保管过程中严格遵守了公司的规定和财务流程，那么这种行为是合法的。例如，公司可能因业务需要，临时指定某员工负责收取并保管小额货款，待后续统一上交或处理。
职务行为：员工在履行其职务职责过程中，代为保管客户货款，且该行为属于其职责范围内的一部分，同时符合公司的财务管理制度和流程，那么这种行为也是合法的。比如，销售人员代为收取货款后，及时上交公司财务部门，并保留了相应的收款凭证。
二、违法情况
未经授权擅自保管：如果员工未经公司明确授权，擅自代为保管客户货款，并且未将货款及时上交公司或挪作他用，那么这种行为可能构成违法。这可能涉及侵占公司财产或挪用资金等违法行为，具体取决于货款的金额、保管时间以及员工的意图等因素。
违反公司财务管理制度：即使员工有代为保管货款的权限，但如果其保管行为违反了公司的财务管理制度或流程，如未按规定记录货款收支情况、未妥善保管货款等，也可能构成违规行为。虽然不一定直接违法，但可能面临公司的纪律处分或赔偿责任。
挪用或侵占货款：如果员工在代为保管货款的过程中，将货款挪作个人使用或侵占归为己有，那么这种行为不仅违法，还可能构成犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，挪用资金罪或职务侵占罪等罪名可能适用。
三、法律建议
公司应明确规章制度：为了避免类似纠纷的发生，公司应制定明确的规章制度，规范员工在代为保管客户货款方面的行为。包括授权范围、保管流程、上交时间等方面的规定。
员工应遵守公司规定：员工在代为保管客户货款时，应严格遵守公司的规章制度和财务管理流程。如有任何疑问或不确定的情况，应及时向公司相关部门或领导咨询并获得明确指示。
及时沟通与上交：员工在代为保管货款后，应及时与公司财务部门或相关负责人沟通，并按照规定的时间和方式将货款上交公司。避免因拖延或隐瞒而引发不必要的法律风险。
如有任何关于劳动工伤（工资福利）或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。