保险公司给有稳定工作的误工费补偿，一般不应扣除公司发的部分工资，但需结合具体情况判断，以下分情况详细说明：

1. 误工费的基本定义与计算原则
   误工费是指因事故或伤害导致受害人无法正常工作，从而产生的收入损失补偿。其核心原则是“损失填补”，即补偿受害人因误工实际减少的收入。根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第七条，误工费根据受害人的误工时间和收入状况确定，计算方式为：误工费=误工时间×收入标准（有固定收入的按实际减少的收入计算，无固定收入的按最近三年平均收入或当地同行业平均工资计算）。

2. 有稳定工作且公司正常发工资的情况
   若受害人在误工期间，公司仍按劳动合同或公司制度发放了部分或全部工资（如带薪休假、病假工资等），此时需区分两种情形：

   • 公司发放的工资未覆盖全部误工损失：例如，受害人月工资1万元，公司仅发放病假工资3000元，则保险公司应补偿剩余的7000元（即实际减少的收入）。
     
   • 公司发放的工资已覆盖全部误工损失：例如，受害人月工资1万元，公司全额发放1万元，则保险公司无需额外补偿误工费，因受害人未产生实际收入减少。
     

3. 保险公司主张扣除的合法性分析
   保险公司若主张扣除公司已发放的工资，需满足以下条件：

   • 合同约定：保险合同中明确约定“误工费补偿以实际减少的收入为限”，且该条款不违反法律强制性规定（如不构成免除保险人依法应承担的义务或加重投保人责任）。
     
   • 证据充分：保险公司需提供受害人公司出具的工资发放证明（如银行流水、工资条、扣款通知等），以证明受害人实际减少的收入金额。
     
   • 无重复获益：确保受害人不会因同一误工事实获得双重补偿（即公司工资+保险补偿超过实际损失）。
     

4. 实务中的常见争议与处理
   若保险公司单方面扣除公司已发工资，但无法提供充分证据或合同依据，受害人可通过以下途径维权：

   • 协商调解：与保险公司沟通，要求其提供扣除的合法依据，并协商合理补偿方案。
     
   • 诉讼仲裁：若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，要求保险公司按实际减少的收入赔偿误工费。
     

总结：保险公司是否扣除公司已发工资，需结合误工期间实际收入减少情况、保险合同约定及证据充分性综合判断。若您遇到此类纠纷，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供专业法律意见。