结论：货车司机出了事故且全责，老板因此扣工资的行为是否合法，需根据具体情况判断。一般情况下，若事故非因司机故意或重大过失导致，老板扣工资可能不合法；若司机存在故意或重大过失，老板可能根据内部规章制度或劳动合同约定进行相应处理，但需确保处理方式合法合规。以下从不同角度进行分析：
一、事故责任与工资扣除的直接关联性
事故责任与工资扣除无直接必然联系：
- 货车司机在运输过程中发生事故，并承担全部责任，这主要涉及的是交通事故的责任划分问题，与工资扣除无直接必然联系。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，其扣除需有明确的法律依据或合同约定。
工资扣除的合法性依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 若老板要扣除司机工资，需有明确的法律依据或双方劳动合同中的明确约定，且扣除的原因需与司机的行为直接相关，且扣除的金额需合理。
二、司机全责事故下工资扣除的合法性分析
非故意或重大过失导致的事故：
- 若事故非因司机故意或重大过失导致，而是由于不可抗力、意外事件或其他非司机主观原因造成，老板扣工资的行为可能缺乏合法依据。
- 在此情况下，司机有权要求老板按照劳动合同约定支付全额工资，并可就工资扣除问题与老板进行协商或向劳动监察部门投诉。
故意或重大过失导致的事故：
- 若事故因司机故意或重大过失导致，老板可能根据内部规章制度或劳动合同中的约定，对司机进行相应的处罚，包括扣除部分工资。
- 但需注意，即使司机存在故意或重大过失，老板扣除工资的行为也需符合法律法规的规定，如扣除的金额不得超过法定限额，且需确保司机的最低生活保障等。
三、老板扣工资的合法程序与限制
合法程序：
- 老板若要扣除司机工资，需事先与司机签订书面劳动合同，并在合同中明确约定工资扣除的条件、金额和程序。
- 在发生需要扣除工资的情况时，老板需及时通知司机，并说明扣除的原因和金额，确保司机的知情权。
限制条件：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
- 因此，即使司机存在过错导致事故，老板扣除工资的金额也需受到上述规定的限制。
四、建议与措施
司机方面：
- 若司机认为老板扣工资的行为不合法，可首先与老板进行协商，要求老板提供扣除工资的合法依据和合同约定。
- 若协商无果，司机可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
老板方面：
- 老板应建立健全内部规章制度，明确工资扣除的条件、金额和程序，并在与司机签订劳动合同时进行明确约定。
- 在发生需要扣除工资的情况时，老板需确保扣除行为的合法性和合规性，避免引发劳动争议。
如有更多关于劳动工伤或工资福利方面的法律问题，可直接向我咨询。