员工在工厂崴脚后，应按照以下步骤处理：

一、及时报告与初步处理

1. 立即报告：员工在崴脚后，应第一时间向直属上级或工厂的安全管理部门报告受伤情况。这有助于工厂及时了解事故，并采取必要的措施，如提供急救、安排就医等。

2. 初步处理：如果伤势不重，员工可以在工厂的指导下进行初步处理，如冷敷、抬高受伤部位等，以减轻肿胀和疼痛。但务必注意，如果伤势严重或持续加重，应立即就医。

二、就医与诊断

1. 及时就医：无论伤势轻重，员工都应尽快前往医疗机构进行诊断和治疗。医生会根据伤势情况给出专业的治疗建议，并出具诊断证明书，这是后续工伤认定的重要依据。

2. 保留证据：员工在就医过程中，应保留好所有相关的医疗记录和费用单据，如诊断证明书、医疗费发票等。这些证据在后续的工伤认定和赔偿过程中将起到关键作用。

三、工伤认定申请

1. 了解流程：员工或其家属应了解工伤认定的相关流程和规定。根据《工伤保险条例》和《工伤认定办法》，员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。

2. 提交申请：员工或其家属应在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内（特殊情况可延长），向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果用人单位未在规定时限内提出申请，员工或其家属、工会组织可以在1年内直接提出申请。

3. 准备材料：提出工伤认定申请时，需要填写《工伤认定申请表》，并提交劳动、聘用合同文本复印件或与用人单位存在劳动关系的其他证明材料，以及医疗机构出具的受伤后诊断证明书或职业病诊断证明书。

四、配合调查与等待结果

1. 配合调查：社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，可能会根据需要对申请人提供的证据进行调查核实。员工应积极配合调查工作，提供真实、准确的信息和证据。

2. 等待结果：社会保险行政部门应在受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定决定，并出具《认定工伤决定书》或《不予认定工伤决定书》。员工应耐心等待结果，并根据结果采取相应的措施。

五、后续处理与赔偿

1. 如果认定为工伤：员工将享受工伤保险待遇，包括医疗费用报销、停工留薪期工资、伤残津贴等。员工应按照相关规定和程序申请这些待遇。

2. 如果未认定为工伤：员工或其家属如果对认定结果有异议，可以在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼。同时，也可以考虑与用人单位协商解决赔偿问题。

在整个处理过程中，员工应保持冷静、理性，积极维护自己的合法权益。同时，也建议工厂加强安全管理，预防类似事故的发生，共同营造一个安全、和谐的工作环境。