关于保密协议中“离职后两年内不得从事本行业工作”的合法性，结论如下：
该条款是否合法需结合其性质判断。若属于竞业限制条款且期限超过两年，则违法；若仅为保密义务且未限制就业范围，则可能有效。以下从法律角度详细分析：

一、条款性质决定合法性：保密义务 vs 竞业限制

1. 保密义务
   保密义务要求劳动者离职后继续保护用人单位的商业秘密（如客户名单、技术方案等），但不限制劳动者从事同行业工作。若协议仅约定保密义务，未限制就业范围，则劳动者离职后可自由择业，但需遵守保密约定。

2. 竞业限制
   竞业限制进一步限制劳动者离职后一定期限内（最长两年）从事与原单位有竞争关系的行业或业务。根据《劳动合同法》第二十四条，竞业限制期限不得超过两年，且用人单位需按月支付经济补偿。若协议中“两年内不得从事本行业”被认定为竞业限制条款，则合法；若期限超过两年，超出部分无效。

二、合法性判断的关键要素

1. 是否支付经济补偿

   • 若协议约定竞业限制条款，但用人单位未支付经济补偿，劳动者有权要求解除竞业限制协议（《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十八条）。
     
   • 若用人单位未约定经济补偿，劳动者履行竞业限制义务后，可要求按离职前十二个月平均工资的30%（不低于当地最低工资标准）支付补偿（《解释（一）》第三十六条）。

2. 适用对象范围
   竞业限制仅适用于高级管理人员、高级技术人员及其他负有保密义务的人员（《劳动合同法》第二十四条）。若劳动者不属于此类人员，竞业限制条款可能被认定无效。

三、不同情况下的法律后果

1. 条款合法有效

   • 若协议明确为竞业限制条款、期限不超过两年、用人单位支付经济补偿，且劳动者属于适用对象，则劳动者需遵守约定，否则可能承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失）。

2. 条款违法或无效

   • 期限超过两年：超出部分无效，劳动者离职后不受约束。
     
   • 未支付经济补偿：劳动者可要求解除竞业限制协议，或主张经济补偿。
     
   • 劳动者不属于适用对象：竞业限制条款整体无效。

四、实务建议

1. 劳动者角度

   • 签订保密协议前，仔细审查条款性质（保密义务或竞业限制）、期限及经济补偿约定。
     
   • 若协议包含竞业限制条款，离职后严格遵守期限要求，同时保留用人单位支付经济补偿的证据。
     
   • 若用人单位未支付补偿，可依法主张权利或解除竞业限制义务。

2. 用人单位角度

   • 制定保密协议时，明确条款性质，避免混淆保密义务与竞业限制。
     
   • 竞业限制期限不超过两年，并按月支付经济补偿，确保条款合法有效。
     
   • 针对核心岗位人员约定竞业限制，避免扩大适用范围导致条款无效。

总结：保密协议中“离职后两年内不得从事本行业工作”的合法性取决于其是否构成竞业限制及是否符合法律规定。若您面临类似问题，建议提供协议具体内容，以便进一步分析条款效力及应对策略。