政府信息公开要求申请人说明理由的期限，在法律上并未明确规定需要扣除或不扣除，但通常该期限不计入政府信息公开的答复期限内。以下是对此问题的详细分析：

1. 政府信息公开的答复期限：

   • 根据《中华人民共和国政府信息公开条例》第三十三条的规定，行政机关收到政府信息公开申请后，能够当场答复的，应当当场予以答复。
   • 若不能当场答复，行政机关应当自收到申请之日起20个工作日内予以答复；如需延长答复期限，需经政府信息公开工作机构负责人同意并告知申请人，但延长后的期限最长不得超过20个工作日。

2. 要求申请人说明理由的期限性质：

   • 当行政机关认为申请公开的政府信息涉及第三方权益，或需要申请人进一步说明申请理由时，可能会要求申请人补充相关材料或说明理由。
   • 这一要求通常是为了确保政府信息公开的准确性和合法性，以及保护第三方合法权益。然而，法律并未明确规定这一说明理由的期限是否应计入政府信息公开的答复期限内。

3. 实际操作中的处理方式：

   • 在实际操作中，行政机关通常会要求申请人在一定期限内补充材料或说明理由，但这一期限通常不计入政府信息公开的答复期限内。
   • 行政机关会在收到申请人补充的材料或说明的理由后，重新开始计算答复期限，以确保在法定时间内给予答复。

4. 法律建议：

   • 对于申请人而言，在收到行政机关要求补充材料或说明理由的通知后，应尽快按照要求提供相关材料或说明理由，以避免因延误而影响政府信息公开的进程。
   • 若申请人对行政机关的处理方式有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

总结来说，政府信息公开要求申请人说明理由的期限，在法律上并未明确规定是否需要扣除，但通常该期限不计入政府信息公开的答复期限内。行政机关在处理政府信息公开申请时，应遵循法定程序和时限要求，确保申请人的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。