若合同中明确约定了扣款条款但不允许申报，可采取以下措施：
核查合同条款 首先，需仔细审查合同文本，确认扣款条款的具体内容、适用范围及限制条件。若合同确实存在不允许申报扣款的明确约定，则需进一步分析该条款的合法性及合理性。若该条款违反法律法规的强制性规定（如违反公平原则、显失公平等），则可能被认定为无效条款，此时可依法主张该条款不具有约束力。
与对方协商 若合同条款合法有效，但不允许申报扣款导致自身权益受损，可尝试与合同相对方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。例如，可提出修改合同条款、增加补充协议或采取其他补偿措施等，以平衡双方利益。
寻求法律救济 若协商无果，且认为合同条款显失公平或对方存在违约行为，可依法向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求确认合同条款无效、撤销合同或要求对方承担违约责任等。在此过程中，需充分准备证据材料，以证明自身主张的合法性和合理性。
若合同中未明确约定扣款条款但实际操作中不允许申报：
确认合同性质及目的 需明确合同的性质及目的，以判断扣款是否属于合同履行过程中的合理行为。若扣款与合同目的相符且符合行业惯例或交易习惯，则可能被视为合同履行的一部分。此时，若不允许申报扣款，可能涉及对方违约或不当行为。
收集证据并主张权利 若认为对方不允许申报扣款的行为构成违约或不当行为，可收集相关证据材料（如合同文本、交易记录、沟通记录等），并依法向对方主张权利。具体方式包括但不限于发送律师函、提起诉讼或申请仲裁等。
考虑合同解除或变更 若对方的行为严重影响了合同目的的实现或导致合同无法继续履行，可考虑解除合同或要求变更合同条款。在此过程中，需遵循合同解除或变更的法定程序，并确保自身行为合法合规。