合同盖章但与标书不一致，合同是否有效需分情况讨论：

1. 若盖章合同内容与标书核心条款无实质性差异：

   • 合同通常仍被视为有效。因为盖章是合同成立的重要形式要件，只要双方意思表示真实，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同即成立并生效。标书作为要约邀请或要约的一部分，其内容可能因双方协商而有所调整，只要最终盖章的合同体现了双方的真实意愿，且未损害国家、集体或第三人利益，合同效力不受影响。

2. 若盖章合同内容与标书核心条款存在实质性差异：

   • 合同效力可能受到质疑。此时，需进一步分析差异部分是否构成对合同本质内容的变更。若差异部分涉及合同标的、数量、质量、价款或报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等核心条款，且未经双方协商一致，则可能构成对原要约的实质性变更，导致合同不成立或无效。特别是当一方以标书内容为准，而另一方却以盖章合同内容为准，且双方对此存在争议时，合同效力可能因双方意思表示不一致而受到影响。

3. 特殊情形下的合同效力：

   • 欺诈、胁迫或恶意串通：若一方在签订盖章合同时存在欺诈、胁迫或恶意串通等行为，导致合同内容与标书不一致，且损害了国家、集体或第三人利益，则合同可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
   • 显失公平：若盖章合同内容与标书不一致，且导致双方权利义务显失公平，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销合同。但需注意，撤销权需在法定期限内行使，否则将丧失撤销权。

法律建议：

• 审查合同内容：在签订盖章合同前，务必仔细审查合同内容，确保与标书内容一致，特别是核心条款部分。
• 协商一致：若因特殊原因需对标书内容进行变更，应与对方协商一致，并签订书面变更协议，以确保合同效力。
• 保留证据：在签订合同过程中，应保留好相关证据，如标书、往来邮件、聊天记录等，以备不时之需。
• 及时咨询：若对合同效力存在疑问或争议，应及时咨询专业律师，以便及时采取措施维护自身权益。

可能法律后果：

• 若合同被认定为无效或可撤销，双方需根据过错程度承担相应的法律责任，如返还财产、赔偿损失等。
• 若因合同效力问题导致纠纷，可能需通过诉讼或仲裁等途径解决，这将耗费双方的时间和精力，并可能产生额外的费用。

因此，在签订盖章合同时，务必确保合同内容与标书一致，以避免不必要的法律风险和纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。