合同协议书盖了另一家章，其效力需要根据具体情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 一般情况下合同盖两个章是有效的：

   • 合同盖章的意义在于体现当事人对合同内容的认可。只要盖章行为是真实的，且这两个章所代表的主体都认可合同内容，并具备签订合同的权利能力和行为能力，那么合同通常具有法律效力。
   • 法律上判断合同成立主要看双方是否达成了合意，盖章是常见的体现双方达成合意的方式。如果两个章能表明各方对合同条款的确认，就不会影响合同的效力。

2. 需要明确盖章主体与目的：

   • 在实际中，要弄清楚盖章主体的身份以及盖章目的。如果两个章子分别属于合同双方当事人，双方各自盖章确认，这种情况合同效力明确。
   • 如果两个章子都为一方当事人所有，这时就得看是否符合该方内部的流程规定。如果符合，合同有效；如果有争议，就需结合合同内容及实际履行情况综合判断合同效力。

3. 特殊情况下的合同效力：

   • 如果其中一方公司的盖章未经合法授权，或者合同的内容与两个公司的经营范围、法律地位等存在冲突，可能会导致合同效力存在瑕疵。
   • 如果合同对效力有特殊的约定，比如约定需特定顺序盖章才生效，那么就得遵守该约定。

综上所述，合同协议书盖了另一家章，其效力并不是一概而论的。需要具体分析盖章行为是否真实、盖章主体是否具备签订合同的权利能力和行为能力、盖章是否符合内部流程规定或特殊约定等因素。如果您在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。