合同双方已签字但盖了别的公司章，合同的效力需根据具体情况综合判断，不能直接认定有效或无效。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 盖章公司的身份与授权

   • 若盖章公司非合同主体：如果盖章的公司并非合同中约定的主体，且没有得到合同主体的明确授权或追认，那么该盖章行为通常不能代表合同主体的意志，合同可能因缺乏有效的意思表示而不成立或无效。例如，甲公司与乙公司签订合同，但甲公司盖了丙公司的章，且丙公司并非合同当事人，也未授权甲公司使用其公章，此时合同对乙公司而言可能无效。
   • 若盖章公司得到授权：如果盖章的公司虽然不是合同直接约定的主体，但得到了合同主体的明确授权，或者事后得到了合同主体的追认，那么该盖章行为可以视为合同主体的行为，合同可能因此有效。

2. 合同内容与履行情况

   • 合同内容明确且双方无异议：如果合同内容明确，双方对合同条款无异议，且已经按照合同约定开始履行或部分履行，那么即使盖章公司非合同主体，但考虑到实际履行情况和双方的真实意思表示，合同也可能被认定为有效。不过，这种情况下可能存在法律风险，因为盖章公司的身份问题可能引发后续纠纷。
   • 合同内容存在争议或未履行：如果合同内容存在争议，或者双方尚未开始履行合同，那么盖章公司非合同主体的问题可能成为合同无效或可撤销的理由。此时，需要进一步审查双方的真实意思表示、合同签订过程中的过错情况等因素。

3. 表见代理与善意第三人

   • 表见代理：如果盖章公司的行为构成了表见代理，即相对人有理由相信盖章公司有权代表合同主体签订合同，且这种相信是合理的、善意的，那么合同可能对合同主体产生效力。例如，盖章公司长期代表合同主体与相对人签订合同，且相对人对此不知情，此时可能构成表见代理。
   • 善意第三人保护：在表见代理的情况下，为了保护善意第三人的利益，法律可能认定合同有效。但这也需要具体审查相对人是否善意、有无过失等因素。

4. 法律后果与风险防范

   • 法律后果：如果合同因盖章公司非合同主体而被认定无效或可撤销，那么双方可能需要承担相应的法律后果，如返还财产、赔偿损失等。
   • 风险防范：为了避免类似纠纷的发生，建议在签订合同时明确合同主体、盖章要求等条款，并在签订前对对方的身份和授权情况进行核实。同时，在合同履行过程中保持谨慎态度，及时留存相关证据以备不时之需。

总结与建议：合同双方已签字但盖了别的公司章时，合同的效力并非绝对无效或有效，而是需根据具体情况来判断。在处理此类问题时，建议仔细审查合同内容、双方行为及实际情况，并考虑咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果你有具体的合同纠纷问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。