合同甲方由他人代法人签字但盖有甲方公司章，该合同一般是有效的。不过，具体效力还需结合实际情况进行判断，以下从不同角度为您详细分析：

一、从合同形式要件角度分析

1. 盖章的效力：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，公司公章是公司对外进行民事活动的重要标识，具有法律效力。在合同上加盖公司公章，通常视为公司对合同内容的确认和接受。
   • 因此，即使合同上的签字是由他人代法人所签，但只要加盖了甲方公司的公章，该合同在形式上就具备了法律效力。

2. 代签的效力：

   • 代签行为本身并不直接导致合同无效，关键在于代签人是否具有代理权或是否得到了法人的明确授权。
   • 如果代签人具有合法的代理权（如持有法人的授权委托书），或者事后得到了法人的追认，那么代签行为就是有效的，合同也因此具有法律效力。

二、从合同实际履行角度分析

1. 合同实际履行情况：

   • 合同的效力不仅取决于其形式要件，还取决于其实际履行情况。如果合同签订后，双方均按照合同约定履行了各自的义务，那么该合同的效力就得到了进一步的确认。
   • 反之，如果合同签订后存在违约行为或未实际履行的情况，那么合同的效力可能会受到质疑。但这种情况并不直接源于代签或盖章行为本身，而是源于合同的实际履行情况。

2. 相对人是否知情：

   • 如果合同的相对人（即乙方）在签订合同时知道或应当知道签字是由他人代法人所签，并且仍然选择与甲方公司签订合同，那么这可以视为相对人对代签行为的认可。
   • 在这种情况下，即使代签行为存在瑕疵，也不太可能影响合同的效力。

三、可能存在的风险及建议

1. 风险：

   • 如果代签人没有合法的代理权，并且事后也没有得到法人的追认，那么代签行为可能构成无权代理，导致合同效力存在瑕疵。
   • 此外，如果甲方公司内部存在管理混乱或公章使用不当的情况，也可能引发合同纠纷。

2. 建议：

   • 为了确保合同的法律效力，建议在签订合同时尽量由法人本人签字或提供明确的授权委托书给代签人。
   • 同时，甲方公司应加强内部管理，规范公章的使用流程，避免出现公章被盗用或滥用的情况。
   • 如果在合同签订或履行过程中遇到任何问题或疑虑，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。