行政执法案件调查终结报告存在瑕疵时，应视瑕疵类型和严重程度采取补正、修正或重新制作等措施，确保报告合法有效。具体处理方式如下：

1. 瑕疵类型与补正措施

   • 程序性瑕疵：如调查人员未签字、日期填写错误、证据清单遗漏等，可通过补签、更正日期、补充证据清单等方式直接修正，并附书面说明。
     
   • 内容性瑕疵：若事实认定部分存在笔误或数据错误（如金额、时间等），需核对原始证据后修正，并由调查人员签字确认。
     
   • 证据瑕疵：若关键证据缺失或形式不合法（如未加盖公章、未注明来源），需补充合法证据或重新取证，并在报告中说明补正情况。

2. 瑕疵严重程度与处理方式

   • 轻微瑕疵：不影响案件事实认定和法律适用的，可通过补正程序直接修正，无需重新调查。
     
   • 重大瑕疵：若瑕疵导致事实认定不清、证据不足或程序违法（如未依法告知当事人权利），需重新调查或制作报告，并重新履行审批程序。
     
   • 影响合法性的瑕疵：如调查人员不具备执法资格、超越职权范围等，需撤销原报告，由有权限的执法人员重新调查。

3. 后续程序要求

   • 补正后审核：修正后的报告需经原审核人员重新审核，确认无误后归档。
     
   • 当事人权利保障：若瑕疵可能影响当事人权益（如处罚依据错误），需依法告知当事人并听取其陈述申辩，必要时举行听证。
     
   • 监督与追责：若瑕疵系执法人员故意或重大过失导致，需依法追究相关人员责任，并记录在案。

建议：行政执法机关应建立报告瑕疵内部审查机制，定期组织执法人员培训，规范调查程序和文书制作，从源头减少瑕疵产生。若您遇到具体案件中的报告瑕疵问题，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细解决方案。