在行政诉讼案件中，若发现存在重大瑕疵，首先需明确瑕疵的具体类型和阶段，再针对性采取补救措施，包括申请程序补正、提出证据反驳、申请再审或抗诉等。以下从不同角度展开说明：

1. 明确“重大瑕疵”的具体类型

行政诉讼中的“重大瑕疵”可能涉及程序违法、证据不足、法律适用错误或主体资格问题等。例如：

• 程序违法：如未依法送达诉讼文书、未给予当事人充分陈述机会、超期审理等；
• 证据瑕疵：如关键证据系伪造、未依法质证、证据与事实无关等；
• 法律适用错误：如错误引用法律条文、对法律解释明显偏离立法本意；
• 主体资格问题：如被告不适格（如非行政机关却以行政主体身份应诉）。

行动建议：需结合具体瑕疵类型，分析其对案件结果的影响程度。例如，程序违法若未影响当事人实体权利，可能仅构成“程序瑕疵”；但若导致当事人无法有效参与诉讼，则可能构成“重大违法”，需重点主张。

2. 根据诉讼阶段采取不同策略

（1）一审阶段：及时提出异议并补正

• 程序瑕疵：若发现法院未依法履行程序（如未通知开庭时间），可立即向法院提出书面异议，要求补正程序。根据《行政诉讼法》第51条，法院对程序问题应依法纠正。
• 证据问题：若对方证据存在瑕疵（如未附翻译件的外文证据），可在质证环节明确提出异议，要求法院排除该证据。
• 法律适用问题：在法庭辩论阶段，通过提交类案判决、立法解释等材料，论证法院适用法律错误。

（2）二审阶段：以“重大违法”为由申请撤销原判

• 若一审存在重大程序违法（如未开庭审理却作出判决），或证据、法律适用错误直接影响判决结果，可在上诉理由中明确主张“原审程序违法，应予撤销”。根据《行政诉讼法》第89条，二审法院对程序违法问题应依法审查。

（3）再审阶段：以“新证据”或“法律适用错误”申请启动再审

• 若发现原审证据系伪造，或新出现关键证据（如行政机关事后补充的审批文件），可依据《行政诉讼法》第91条，以“有新的证据，足以推翻原判决”为由申请再审。
• 若原审法律适用明显错误（如将“行政处罚”误认为“行政许可”），可主张“适用法律、法规确有错误”，申请再审。

3. 特殊情形：申请检察院抗诉或提出检察建议

• 若法院存在“徇私舞弊、枉法裁判”等严重违法行为，或再审裁定仍存在错误，可依据《行政诉讼法》第93条，向检察院申请检察建议或抗诉。检察院依法调查后，可向法院提出再审检察建议或提请抗诉。

4. 实务提示：瑕疵补正的“黄金时间”

• 程序问题：需在知道瑕疵存在后立即提出（如收到判决书后15日内上诉），逾期可能丧失救济权；
• 证据问题：需在质证环节或法庭辩论阶段提出，逾期未提的，法院可能默认证据有效；
• 法律适用问题：需结合具体案情，通过类案检索、专家论证等方式强化说服力。

总结：行政诉讼中的重大瑕疵需结合类型、阶段采取针对性措施，核心原则是“及时主张、充分论证、依法救济”。若您遇到具体案件中的瑕疵问题，可直接向我咨询，我会结合案情为您详细分析救济路径。