行政诉讼一审程序瑕疵在二审中的处理方式需根据瑕疵类型及对实体判决的影响程度综合判断，具体处理原则如下：

1. 程序瑕疵未影响实体判决的，二审法院可能维持原判但指出瑕疵
   若一审程序存在轻微瑕疵（如未依法送达副本、未充分保障当事人举证期限等），但未实质影响当事人诉讼权利行使或案件实体结果，二审法院通常不会因此撤销原判，但会在裁判文书中指出程序问题并要求一审法院今后注意。例如，《行政诉讼法》第89条第1款第（四）项规定，原判决遗漏当事人或违法缺席判决等严重违反法定程序的情形才构成发回重审的法定事由，轻微瑕疵不适用该条款。

2. 程序瑕疵影响实体判决的，二审法院可能撤销原判并发回重审
   若一审程序存在重大瑕疵（如应当回避的审判人员未回避、未经开庭审理直接作出判决、剥夺当事人辩论权利等），且该瑕疵可能影响案件公正审判的，二审法院将依据《行政诉讼法》第89条第1款第（四）项裁定撤销原判，发回一审法院重新审理。例如，在（2020）最高法行再123号案中，最高人民法院因一审法院未依法组织质证直接采信关键证据，认定程序违法并发回重审。

3. 程序瑕疵可通过补正方式消除的，二审法院可能直接补正后维持原判
   对于一审中存在的技术性瑕疵（如笔误、日期错误等），若二审期间可通过补正裁定书或庭审记录修正，且不影响当事人实体权利的，二审法院可能直接补正后维持原判。例如，《最高人民法院关于适用〈行政诉讼法〉的解释》第101条规定，二审法院对原审判决中的文字错误、计算错误等笔误，可通过裁定书补正。

4. 当事人未在一审中提出程序异议的，二审法院可能不予审查
   根据《行政诉讼法》第35条及司法实践，若当事人在一审期间明知程序瑕疵但未提出异议，二审期间再以此为由主张程序违法的，法院可能以“未及时行使诉权”为由不予支持，除非该瑕疵属于“根本性违法”情形（如无管辖权审理案件）。

实务建议：

• 当事人若发现一审程序瑕疵，应在一审期间及时提出书面异议并记录在案，避免丧失救济机会；
  
• 二审期间主张程序违法时，需明确瑕疵类型、提供证据证明瑕疵存在，并论证其对实体判决的影响程度；
  
• 对于可能影响公正审判的重大程序瑕疵，建议同步申请审判人员回避或要求公开审理，以强化救济效果。
  

如有具体案件程序瑕疵问题，可进一步提供细节，我将结合法条与判例为您详细分析。