结论前置：互殴双方轻伤二级且已互相谅解的情况下，仍可能留下案底，但具体是否留下案底及案底的性质，取决于案件是否进入刑事诉讼程序、调解的时机与性质，以及当地的法律规定和司法实践。
详细分析：
刑事诉讼程序的影响：
- 故意伤害致人轻伤二级已达到故意伤害罪的立案标准。一旦公安机关立案，即便双方达成调解，案件记录仍会存在于公安机关的系统中。这是因为犯罪行为一旦发生并被立案，就会作为刑事案件在司法程序中留下痕迹。
- 若犯罪情节轻微，人民检察院可能作出不起诉决定。然而，不起诉决定书中仍会记录案件事实和不起诉理由，这些信息在司法机关内部系统中是可查询的，从广义上也被视为案底的一部分。
- 如果案件进入刑事诉讼程序，无论最终判决如何，都可能在个人的法律记录中留下“案底”。调解虽可作为量刑的考虑因素，但不影响案件本身的记录。
行政处罚程序的影响：
- 若不构成刑事犯罪，仅给予行政处罚（如行政拘留、罚款等），相关处罚记录也会留存于公安机关的数据库中。这些记录同样属于案底的一种，可能对个人未来特定职业的从业资格审查等产生影响。
谅解的作用与限制：
- 受害者的谅解在刑事诉讼过程中是一个重要的酌定从轻处罚情节。法官在量刑时会考虑这一因素，可能对犯罪嫌疑人从轻、减轻处罚，甚至适用缓刑。
- 然而，谅解并不意味着可以撤销案件或不被认定为犯罪。案底是由法院审判后认定有罪的相关记录，和解不能改变这一事实。
特殊情况下的不起诉决定：
- 在特殊情况下，如果犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。例如，未成年犯罪嫌疑人符合附条件不起诉的相关规定，经过考察期后检察院决定不起诉的，这种情况下不会留下犯罪记录。
- 此外，如果派出所未将案件作为刑事案件立案，而是作为治安案件处理，并且经调解成功后可能不移送检察机关，那么也可能不会留下案底。但这并不意味着犯罪行为被忽视或未发生，而是案件处理流程上的差异。
建议与对策：
- 面对此类情况，建议尽快向我咨询，以更准确地了解可能的法律后果和应对策略。我可以根据具体情况提供专业的法律意见和指导，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
- 同时，当事人应积极配合司法机关的调查和处理工作，如实陈述事实，提供相关证据，以便司法机关能够全面、客观地了解案件情况，作出公正的裁决。
法律依据：
- 《中华人民共和国刑法》第二百三十四条：故意伤害他人身体的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。犯前款罪，致人重伤的，处三年以上十年以下有期徒刑；致人死亡或者以特别残忍手段致人重伤造成严重残疾的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。本法另有规定的，依照规定。
在处理此类案件时，应充分了解相关法律法规和程序规定，以确保合法权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。