针对小微企业员工怀孕的情况，企业应当遵循国家及地方的相关法律法规，给予孕期女职工充分的保护和合理的安排。以下是一些具体的处理建议：
一、劳动保护方面
不安排禁忌劳动：根据《工作场所女职工特殊劳动保护制度(参考文本)》等相关规定，企业不应安排孕期女职工从事国家规定的孕期禁忌从事的劳动，如高处作业、低温作业、冷水作业等，以确保女职工和胎儿的安全。
调整劳动量或岗位：如果孕期女职工不能适应原安排的劳动，企业应根据医疗机构的诊断证明，减轻其劳动量或者安排其他能够适应的劳动。这有助于保护女职工的身体健康，同时确保工作的顺利进行。
产前检查时间计入劳动时间：孕期女职工在劳动时间内进行产前检查的，企业应将其所需时间计入劳动时间，并依法支付劳动报酬。这是对女职工权益的保障，也是企业应尽的责任。
特殊休息安排：对于怀孕不满3个月且妊娠反应剧烈的女职工，企业应在劳动时间内安排其一定的休息时间；对于怀孕7个月以上的女职工，企业不应延长其劳动时间或安排夜班劳动，并在劳动时间内安排其休息不少于1小时。
二、合同与福利方面
合同保护：根据《工作场所女职工特殊劳动保护制度(参考文本)》等规定，孕期、产期、哺乳期的女职工，除有法律、法规规定的情形外，企业不得解除劳动（聘用）合同。如果劳动（聘用）合同期满而孕期、产期、哺乳期未满的，除女职工本人提出解除、终止劳动（聘用）合同外，劳动（聘用）合同的期限应自动延续至孕期、产假、哺乳期期满。
工资福利不降低：企业不应因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资和福利待遇。女职工在享受福利待遇方面应享有与男职工平等的权利。
晋职晋级平等：在晋职、晋级、评定专业技术职称和职务、培训等方面，企业应坚持男女平等的原则，不歧视孕期女职工，不因其怀孕、生育、哺乳等原因限制其参与上述活动。
三、其他关怀措施
建立孕妇休息室：如果条件允许，企业可以建立孕妇休息室，为孕期女职工提供一个舒适的休息环境。
定期健康检查：企业可以定期组织女职工进行妇科疾病、乳腺疾病检查以及女职工特殊需要的其他健康检查，关注女职工的身体健康。
心理关怀：孕期女职工可能会面临一些心理压力和焦虑，企业可以提供心理咨询服务或组织相关活动，帮助她们缓解压力，保持良好的心态。
综上所述，小微企业在处理员工怀孕的情况时，应严格遵守国家及地方的相关法律法规，给予孕期女职工充分的保护和合理的安排。这不仅是对女职工权益的保障，也是企业应尽的社会责任。