即使缺少被公司直接管理的证据，也仍然可以申请劳动仲裁来确认劳动关系，但需通过其他间接证据来证明劳动关系的存在。以下是从不同角度的详细分析：

一、劳动关系的确认依据

在劳动仲裁中，劳动关系的确认并不仅仅依赖于直接的管理证据，如考勤记录、工作指令等。根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，劳动关系的确认可以综合考量以下因素：

1. 工资支付凭证或记录：如工资条、银行转账记录等，这些可以证明公司向你支付了劳动报酬。
2. 工作证、服务证等：这些证件上可能载有公司名称、你的姓名及职位等信息，是证明劳动关系的有力证据。
3. 招聘登记表、报名表等招用记录：这些记录可以证明你曾向公司应聘并被录用。
4. 考勤记录：虽然你提到缺少直接的管理证据，但如果能通过其他途径（如同事证言、工作群聊天记录等）间接证明你的考勤情况，也有助于确认劳动关系。
5. 其他劳动者的证言：与你一同工作的同事的证言，可以证明你与公司之间存在劳动关系。
6. 其他相关证据：如工作邮件、工作聊天记录、工作照片或视频等，这些都可以作为证明劳动关系的辅助证据。

二、申请劳动仲裁的流程

如果你决定申请劳动仲裁来确认劳动关系，可以按照以下流程进行：

1. 准备证据材料：收集上述提到的各类证据材料，确保它们能够形成完整的证据链，证明你与公司之间存在劳动关系。
2. 提交仲裁申请：向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。在申请中，你需要明确你的仲裁请求，即要求确认你与公司之间存在劳动关系。
3. 参加仲裁庭审：仲裁委员会在受理你的申请后，会安排庭审。在庭审中，你需要陈述你的仲裁请求和事实理由，并出示相关证据材料。公司方也会进行答辩和举证。
4. 等待仲裁裁决：仲裁委员会在庭审结束后，会根据双方提供的证据和陈述，作出仲裁裁决。如果裁决确认你与公司之间存在劳动关系，那么你就获得了法律上的认可。

三、注意事项

1. 证据的充分性和真实性：在申请劳动仲裁时，证据的充分性和真实性至关重要。你需要确保提供的证据材料真实可靠，且能够形成完整的证据链。
2. 仲裁时效：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。你需要在这个时效期间内提出仲裁申请，否则可能会丧失仲裁权利。
3. 寻求专业帮助：如果你对劳动仲裁流程或证据收集等方面存在疑问或困惑，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为你提供专业的法律建议和指导，帮助你更好地维护自己的合法权益。

总结来说，即使缺少被公司直接管理的证据，你仍然可以通过收集其他间接证据来申请劳动仲裁确认劳动关系。在申请过程中，你需要确保证据的充分性和真实性，并遵循仲裁流程。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。