针对您提出的“违建限拆决定通知书法院会判决程序违法，责令补办手续吗”这一问题，我的结论是：这并非一个绝对的结果，而是取决于多种因素，包括违建的具体情况、行政机关作出限拆决定的程序是否合法以及法院的审查判断等。 以下我将从多个角度为您详细分析：

1. 违建的具体情况：

   • 如果违建属于可以补办手续、符合规划要求的类型，且行政机关在作出限拆决定时未充分考虑这一因素，或者程序上存在瑕疵，那么法院在审查时可能会认为行政机关的决定不当，从而有可能判决程序违法，并责令行政机关补办相关手续。
   • 如果违建属于严重违反规划、无法补办手续的类型，或者存在安全隐患等严重问题，那么即使行政机关在程序上存在一定瑕疵，法院也可能更倾向于支持行政机关的限拆决定，而不会责令补办手续。

2. 行政机关作出限拆决定的程序是否合法：

   • 行政机关在作出限拆决定时，必须遵循法定程序，包括调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出决定并送达等。如果行政机关在程序上存在违法或不当之处，如未充分调查取证、未告知当事人权利、未听取当事人陈述申辩等，那么法院在审查时可能会认为行政机关的决定程序违法。
   • 如果行政机关在程序上严格遵循了法律规定，且证据充分、理由正当，那么法院在审查时可能会认为行政机关的决定合法有效，而不会轻易判决程序违法或责令补办手续。

3. 法院的审查判断：

   • 法院在审查行政机关的限拆决定时，会综合考虑违建的具体情况、行政机关的程序合法性以及公共利益等因素。如果法院认为行政机关的决定在程序上违法或不当，且违建有可能通过补办手续得到合法化，那么法院可能会判决程序违法，并责令行政机关补办相关手续。
   • 如果法院认为行政机关的决定合法有效，或者违建无法通过补办手续得到合法化，那么法院可能会维持行政机关的决定，而不会责令补办手续。

法律建议：

• 如果您收到了违建限拆决定通知书，并认为行政机关在程序上存在违法或不当之处，或者您认为违建有可能通过补办手续得到合法化，那么您可以考虑向法院提起行政诉讼，请求法院审查行政机关的决定并作出公正判决。
• 在提起行政诉讼前，建议您先咨询专业律师，了解您的权利和义务以及诉讼的风险和可能的结果。同时，您也需要准备好相关证据材料，以支持您的诉讼请求。

可能法律后果：

• 如果法院判决行政机关的程序违法并责令补办手续，那么行政机关需要按照法院的判决执行，为您补办相关手续。
• 如果法院维持行政机关的决定，那么您可能需要按照限拆决定的要求自行拆除违建或接受行政机关的强制拆除。

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