结论：在总包单位和包工头口头约定付款比例，事后总包单位不认账且多收了款项的情况下，一般不能直接申请司法鉴定来确定口头约定的付款比例，但可以通过其他证据来证明口头约定的内容，进而维护自身权益。
分析说明：
司法鉴定的适用范围：
- 司法鉴定通常适用于对专门性问题进行鉴别和判断，如笔迹鉴定、指纹鉴定、工程质量鉴定等。在合同纠纷中，司法鉴定一般用于对合同文本的真实性、合同条款的解读（当合同条款存在歧义且需要专业解释时）或合同履行过程中的某些技术性问题进行鉴定。
- 对于口头约定的付款比例，由于它不属于专门性的技术问题或合同文本的真实性问题，因此一般不能直接通过司法鉴定来确定。
口头约定的证明方式：
- 尽管口头约定在法律上也是有效的，但一旦发生纠纷，证明口头约定的内容就变得尤为重要。在没有书面合同的情况下，可以通过其他证据来证明口头约定的存在和内容，如证人证言、录音录像、转账记录、聊天记录等。
- 如果包工头能够提供这些证据来证明双方确实存在口头约定的付款比例，并且总包单位多收了款项，那么包工头就有可能通过法律途径追回多收的款项。
法律建议：
- 收集证据：包工头应尽快收集所有可能证明口头约定付款比例的证据，包括但不限于证人证言、录音录像、转账记录、聊天记录等。
- 协商解决：在收集到足够证据后，包工头可以尝试与总包单位进行协商，要求其按照口头约定的付款比例支付款项，并退还多收的款项。
- 法律途径：如果协商无果，包工头可以向法院提起诉讼，要求总包单位按照口头约定的付款比例支付款项，并承担违约责任。在诉讼过程中，包工头需要向法院提交收集到的证据，以证明口头约定的存在和内容。
后续行动与风险防范：
- 加强合同管理：为了避免类似纠纷的发生，建议在未来与总包单位签订书面合同，明确约定付款比例、付款方式、付款时间等关键条款。
- 保留证据：在合同履行过程中，应妥善保留所有与合同相关的证据，包括书面合同、转账记录、聊天记录、验收报告等，以便在发生纠纷时能够及时提供证据支持自己的主张。
特殊场景提醒：
- 如果总包单位在口头约定后，通过书面形式（如邮件、短信等）对付款比例进行了确认或修改，那么这些书面形式的内容将作为证明口头约定的重要证据。
- 如果包工头在提供劳务过程中，有第三方（如监理单位、业主单位等）见证了口头约定的付款比例，那么这些第三方的证言也将对证明口头约定具有重要作用。
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