总包单位工程款被分包单位多拿了，确实可以通过法律程序要回来。下面我详细为你解释一下这个问题及处理方式：

法律依据与解释

1. 合同法的应用：

   • 根据合同法的原则，当总包单位不慎多付了工程款项给分包单位时，有权要求分包单位退还多余部分。若分包单位拒绝退还，总包单位可以选择向法院提起诉讼。
   • 在诉讼中，总包单位需要提供充分的证据，如合同、付款记录、对账单等，以证明多付的事实。

2. 建筑法的相关规定：

   • 《中华人民共和国建筑法》规定了建筑工程造价应当由发包单位与承包单位在合同中明确约定，并需遵守国家相关规定。
   • 发包单位（在这里可能是总包单位）应按合同约定及时拨付工程款项，同时也有权要求承包单位（分包单位）按合同约定履行义务，包括退还多付的工程款。

处理方法

1. 协商沟通：

   • 首先，尝试与分包单位进行友好协商，明确多付的款项及原因，争取达成退还协议。这通常是最快捷、成本最低的方式。

2. 法律诉讼：

   • 若协商无果，总包单位可以依据相关法律法规向法院提起诉讼，要求分包单位退还多付的工程款。
   • 在诉讼过程中，总包单位需充分举证，包括合同、付款凭证、对账单等，以支持其主张。

3. 执行程序：

   • 一旦法院判决分包单位退还工程款，但分包单位仍不履行义务，总包单位可以申请法院强制执行，通过法律手段确保判决得到执行。

注意事项

• 证据保留：在处理此类纠纷时，总包单位应特别注意保留相关证据，如合同、付款记录、对账单等，以便在需要时提供证明。
• 及时咨询：如果总包单位在处理过程中遇到任何法律问题或困惑，应及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

综上所述，总包单位工程款被分包单位多拿了，完全可以通过法律程序要回来。在处理过程中，总包单位应注重证据的保留和收集，并考虑通过协商、诉讼等方式来维护自身权益。如果你有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。