结论前置：劳动协议里写明了扣的比例但超过20%，这一行为通常是违法的，具体分析如下：
一、法律规定
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定明确了工资扣除的上限，旨在保护劳动者的基本生活需求。
二、违法性分析
超出法定比例：如果劳动协议中约定的扣除比例超过了20%，那么这一约定就违反了上述法律规定，因此是违法的。用人单位不能依据这一违法的约定来扣除劳动者的工资。
影响劳动者基本生活：即使劳动协议中的扣除比例未超过20%，但如果扣除后的工资低于当地月最低工资标准，用人单位也需按最低工资标准支付。这是为了保障劳动者的基本生活需求，避免因工资扣除过多而导致生活困难。若协议中的扣除导致这一结果，同样可能被视为违法或不合理。
三、法律建议
审查劳动协议：劳动者应仔细审查自己的劳动协议，确保其中的工资扣除条款符合法律规定。如果发现扣除比例超过20%或扣除后工资低于最低工资标准，应及时与用人单位沟通协商，要求修改协议。
保留证据：在协商过程中，劳动者应保留好相关证据，如劳动协议、工资条等，以便在必要时维护自己的合法权益。
寻求法律援助：如果与用人单位协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，寻求法律援助来维护自己的权益。
四、特殊情况说明
虽然一般情况下扣除比例不得超过20%，但也存在一些特殊情况。例如，如果劳动者因严重失职或故意行为给用人单位造成重大损失，且双方在劳动合同中有特别约定，那么用人单位可能在一定程度上突破这一限制。但这种情况需要严格符合法律规定和合同约定，且通常需要经过法律程序来确认。
总结来说，劳动协议里写明了扣的比例但超过20%是违法的。劳动者应了解自己的权益和法律规定，及时审查劳动协议并保留好相关证据。如有需要，可以向我咨询更多关于劳动纠纷的法律问题。