员工辞职时，工资应当结清。下面对此进行详细分析：

一. 员工辞职与工资结清的关系

1. 法律规定：根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这表明，无论是员工主动辞职还是双方协商一致解除劳动合同，用人单位都有义务在解除劳动合同时结清工资。
2. 实际操作：在员工辞职时，用人单位应当按照员工实际出勤天数和合同约定的工资标准，计算并支付员工应得的工资。如果用人单位未能在解除劳动合同时结清工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

二. 特殊情况下的工资支付

1. 如果员工辞职时存在未休年假或加班等情况：用人单位还需要按照相关法律规定，支付员工未休年假的工资报酬或加班费。
2. 如果员工辞职是因用人单位的过错：如用人单位未提供劳动保护或劳动条件、未按时足额支付工资等，员工在辞职时还可以要求用人单位支付经济补偿金。

综上所述，员工辞职时，用人单位应当结清员工的工资。如果用人单位未能在解除劳动合同时结清工资，员工可以采取法律手段维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。