机构违法时，责任承担的主体需根据具体情况来确定，主要包括机构自身、直接负责的主管人员和其他直接责任人员。以下从不同角度进行详细分析：
一、机构自身承担责任
法人责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法人以其全部财产独立承担民事责任。当机构（如公司、企业等法人组织）违法时，首先由机构自身以其全部财产承担相应的法律责任。
- 例如，若公司因环境污染被处罚，公司需以其资产支付罚款，并承担相应的民事赔偿责任。
行政责任与刑事责任：
- 机构违法还可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等，这些责任同样由机构自身承担。
- 在某些严重违法情况下，机构还可能构成单位犯罪，需承担刑事责任。此时，机构可能面临罚金等刑罚。
二、直接负责的主管人员和其他直接责任人员承担责任
个人责任：
- 当机构的违法行为是由其内部人员（如董事、经理、员工等）直接实施或指挥时，这些直接负责的主管人员和其他直接责任人员需承担相应的法律责任。
- 根据违法行为的性质和严重程度，他们可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
具体情形：
- 行政处罚：如警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业、暂扣或吊销许可证、执照等。
- 民事赔偿：若违法行为给第三方造成损失，直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能需承担个人赔偿责任。
- 刑事责任：在单位犯罪中，直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能因共同犯罪或单独犯罪被追究刑事责任。例如，在环境污染罪中，若公司直接负责的主管人员明知违法行为而放任，可能构成共同犯罪。
三、特殊情况下的责任承担
挂靠或承包经营：
- 若机构违法行为发生在挂靠或承包经营期间，且挂靠人或承包人以机构名义从事经营活动，那么机构和挂靠人或承包人可能需共同承担责任。
- 例如，在建筑领域，若挂靠的建筑公司因质量问题被处罚，挂靠公司和被挂靠公司可能需共同承担责任。
分支机构违法：
- 若机构的分支机构违法，且该分支机构具有独立的法人资格或能够独立承担民事责任，那么责任首先由分支机构承担。
- 若分支机构无法独立承担责任，则由机构总部承担补充责任。
四、法律建议
- 机构应加强内部管理：建立健全的内部管理制度，明确各岗位的职责和权限，防止违法行为的发生。
- 加强员工培训：定期对员工进行法律知识和职业道德培训，提高员工的法律意识和合规意识。
- 及时咨询专业律师：在面临法律问题时，及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，避免法律风险。
若您遇到机构违法相关的问题，或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律建议和解决方案。