合同约定不允许转包的项目被转包，主要由以下单位进行监管和处理：

1. 行业主管部门：根据项目的具体性质，相应的行业主管部门会承担监管职责。例如，如果是建筑工程项目，那么住房和城乡建设部门就是主要的监管单位；如果是交通运输项目，则交通运输部门会负责监管。这些部门有权对转包行为进行调查，并根据相关法律法规对违规方进行处罚。

2. 市场监督管理部门：作为市场监管的主体，市场监督管理部门也负责对转包等不正当竞争行为进行监管。他们可以依据《反不正当竞争法》等相关法律法规，对转包行为进行查处，维护市场秩序。

3. 招标投标管理部门：如果项目是通过招标方式进行的，那么招标投标管理部门也会对转包行为进行监管。他们可以依据《招标投标法》等相关规定，对违规转包的行为进行处罚，确保招标投标的公平、公正。

在处理转包行为时，这些单位可能会采取以下措施：

• 调查取证：对涉嫌转包的项目进行调查，收集相关证据，以确定是否存在转包行为。
• 行政处罚：对确认存在转包行为的单位或个人，依法给予行政处罚，如罚款、吊销资质证书等。
• 列入不良行为记录：将转包行为记录在相关单位或个人的信用档案中，作为后续项目招投标、资质审核等的参考依据。

如果您发现合同约定不允许转包的项目被转包，您可以采取以下行动：

• 向相关监管部门举报：将您掌握的转包证据提交给上述提到的相关监管部门，由他们进行调查处理。
• 寻求法律援助：如果您是合同的一方，且因转包行为受到了损失，您可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

作为有多领域法律实务经验的律师，我建议您在遇到此类问题时，及时咨询专业律师（即我本人），以便更准确地了解您的权益和可行的法律途径。