在两家公司合作设立新公司后退出，若需追偿投资款，通常可以以“与公司有关的纠纷”下的“股东出资纠纷”或“合同纠纷”为案由起诉，具体取决于实际情况和证据材料。以下是对这两种案由的详细分析：
一、股东出资纠纷
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。若股东未履行或未全面履行出资义务，公司或者其他股东有权请求其向公司依法全面履行出资义务。
适用情形：
- 若在合作设立新公司时，各方签订了公司章程或出资协议，并明确了各自的出资义务，但退出方未按照约定履行出资义务或未完全履行，此时可以以“股东出资纠纷”为案由起诉，要求退出方履行出资义务或赔偿损失。
证据材料：
- 需要提供公司章程、出资协议、出资证明、银行转账记录等证据，以证明退出方未履行或未完全履行出资义务。
二、合同纠纷
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》合同编的规定，当事人之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议受法律保护。若一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
适用情形：
- 若在合作设立新公司时，各方签订了合作协议或投资协议，并明确了各自的权利义务，包括出资方式、出资时间、退出机制等。若退出方违反协议约定，未按照约定退出或未支付应支付的投资款，此时可以以“合同纠纷”为案由起诉，要求退出方承担违约责任。
证据材料：
- 需要提供合作协议、投资协议、退出协议（如有）、违约证明（如未支付投资款的银行转账记录、催款通知等）等证据，以证明退出方违反了协议约定。
综合建议
- 明确诉求：在起诉前，应明确自己的诉求是要求退出方履行出资义务、赔偿损失还是承担违约责任等。
- 收集证据：根据诉求收集相关证据材料，确保证据的充分性和有效性。
- 选择案由：根据实际情况和证据材料选择合适的案由进行起诉。若退出方未履行出资义务，可以选择“股东出资纠纷”；若退出方违反了合作协议或投资协议的约定，可以选择“合同纠纷”。
- 咨询专业律师：在起诉前，建议咨询专业律师，对案情进行全面评估和分析，制定合适的诉讼策略。
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