针对两个公司共同投资经营一个项目发生纠纷应以什么案由起诉的问题，这主要取决于纠纷的具体性质和内容。以下是从不同角度对可能案由的分析：
合同纠纷：
- 如果两个公司之间签订了关于共同投资经营项目的合同，并且纠纷源于合同的履行、解释或违约等问题，那么案由可以定为合同纠纷。
- 在此类纠纷中，法院会审查合同的条款、双方的履行情况以及是否存在违约行为，并据此作出裁决。
合伙协议纠纷（若符合合伙关系）：
- 如果两个公司之间的共同投资经营行为构成了合伙关系，并且纠纷涉及合伙的权益分配、管理决策、亏损承担等方面，那么案由可以定为合伙协议纠纷。
- 合伙协议纠纷的处理会依据合伙协议的约定以及相关法律法规，对合伙的财产、权益和责任进行分配和界定。
投资纠纷：
- 如果纠纷主要围绕投资金额、投资回报、投资风险等投资相关问题展开，那么案由可以定为投资纠纷。
- 在此类纠纷中，法院会审查投资协议、投资记录以及双方的投资行为，以确定各自的权利和义务。
公司法相关纠纷（如涉及公司治理结构）：
- 如果纠纷涉及共同投资经营项目的公司治理结构，如股东会决议、董事会决策、公司控制权等，那么案由可能与公司法相关。
- 这类纠纷的处理会依据公司法的规定，对公司治理结构的合法性和有效性进行审查。
在确定案由时，需要注意以下几点：
- 仔细审查双方签订的合同或协议，明确其中的权利和义务。
- 分析纠纷的具体性质和内容，确定其属于哪种法律关系。
- 考虑相关法律法规的规定，确保案由的准确性和合法性。
建议：
- 在起诉前，尽量通过协商、调解等方式解决纠纷，以节省时间和成本。
- 如果协商、调解无果，再考虑通过法律途径解决。在起诉时，应准备充分的证据材料，以支持自己的主张。
- 鉴于法律问题的复杂性，建议在起诉前咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和指导。
最后，需要强调的是，每个案件都有其独特性和复杂性，因此在实际操作中，应根据具体情况选择合适的案由和诉讼策略。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你具体情况提供详细的法律建议。