针对您提出的“合作协议投资成立公司经营亏损了，是起诉被投资公司还是合作伙伴公司”的问题，这并非一个简单的二选一问题，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为您进行的分析：
一、起诉被投资公司的考量
合同相对性原则：
- 如果您与被投资公司之间签订了明确的投资合同或合作协议，并且合同中规定了双方的权利义务以及亏损时的责任承担方式，那么您可以直接依据合同条款起诉被投资公司。
- 例如，合同中可能约定了被投资公司需保证一定的投资回报率，或在亏损时承担特定比例的责任。
公司法规定：
- 根据公司法的相关规定，公司作为独立的法人实体，应当以其全部财产对公司的债务承担责任。
- 如果被投资公司因经营不善导致亏损，且无法通过其他方式弥补，您作为投资者或债权人，有权要求公司承担相应的责任。
二、起诉合作伙伴公司的考量
合作协议的具体内容：
- 如果您与合作伙伴公司之间签订了合作协议，并且协议中规定了双方在合作过程中的责任分担方式，那么在亏损发生时，您可以依据协议起诉合作伙伴公司。
- 例如，协议中可能约定了合作伙伴公司在特定情况下需承担连带责任或补充责任。
共同过错或违约行为：
- 如果合作伙伴公司在合作过程中存在共同过错或违约行为，导致公司经营亏损，那么您有权要求合作伙伴公司承担相应的赔偿责任。
- 例如，合作伙伴公司可能未按照协议约定履行出资义务、提供虚假信息或擅自改变经营策略等。
三、综合判断与建议
审查合同与协议：
- 首先，您需要仔细审查与被投资公司和合作伙伴公司之间签订的所有合同和协议，明确双方的权利义务以及责任承担方式。
收集证据：
- 其次，您需要收集相关证据，如财务报表、交易记录、沟通记录等，以证明亏损的发生以及各方在其中的责任。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但按要求以更贴合的方式表述）：
- 在处理此类复杂法律问题时，建议您直接向我咨询。我可以根据您的具体情况，结合相关法律法规和司法实践，为您提供专业的法律意见和诉讼策略。
考虑诉讼成本与效益：
- 最后，您还需要考虑诉讼的成本与效益。起诉被投资公司或合作伙伴公司可能涉及较高的诉讼费用和时间成本，因此您需要权衡利弊，做出明智的决策。
总结来说，是起诉被投资公司还是合作伙伴公司，取决于您与它们之间签订的合同和协议的具体内容、各方在亏损发生中的责任以及诉讼的成本与效益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。