外国人曾在中国非法打工多年，后被查出的处理方式主要取决于其具体行为及情节严重程度，但总体而言，将面临行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任。以下从不同角度详细分析：
行政处罚层面
- 罚款：根据《中华人民共和国出境入境管理法》第八十条，非法聘用外国人的，对单位处每非法聘用一人一万元，总额不超过十万元的罚款；对个人处五千元以上五万元以下罚款。对于非法就业的外国人，同样会面临罚款处罚，罚款金额根据情节轻重确定。
- 拘留与遣送出境：若外国人非法就业情节严重，如多次非法就业、非法就业时间较长等，公安机关可以对其处以拘留处罚，并可以附加限期出境或者驱逐出境的处罚。这意味着，非法就业者不仅可能面临短期拘留，还可能被强制离开中国，且在一定期限内或永久不得再次入境。
- 没收违法所得：在查处非法就业行为时，公安机关有权没收非法就业者的违法所得，即其通过非法就业所获得的全部收入。
刑事责任层面
- 组织他人偷越国（边）境罪：如果非法就业行为涉及到组织他人偷越国（边）境，那么根据《中华人民共和国刑法》第三百一十八条，组织者将面临严厉的刑事处罚，包括有期徒刑、无期徒刑甚至死刑，并处没收财产。虽然这一罪名主要针对的是组织者，但非法就业者如果参与其中，也可能作为共犯受到追究。
- 其他相关犯罪：如果非法就业者在非法就业期间还从事了其他违法犯罪活动，如诈骗、盗窃等，那么他们还将根据这些活动的性质和情节，面临相应的刑事处罚。
其他后果
- 信用记录受损：非法就业行为将被记录在个人的信用记录中，对其未来的签证申请、居留许可申请等产生不利影响。
- 影响未来入境：被遣送出境的外国人，自被遣送出境之日起一定期限内（通常为一至五年）不准入境。这一限制将严重影响其未来在中国的活动和发展。
建议：
- 主动配合调查：如果外国人发现自己曾在中国非法打工并被查出，应主动配合公安机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
- 寻求法律帮助：在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律后果。律师可以根据具体情况提供个性化的法律建议和帮助。
- 遵守法律法规：未来在中国活动时，务必遵守中国的法律法规，特别是出境入境管理方面的规定，以避免类似问题的再次发生。