结论：建设工程中签订临时用工协议若违反法律或公司规章制度，是否交由司法处理需视具体情况而定，包括违法或违规的性质、情节严重程度以及造成的后果等因素。

分析如下：

1. 违法行为的性质与情节：

   • 如果签订临时用工协议的行为违反了国家法律法规的强制性规定，如未按照法定程序签订、未保障劳动者基本权益等，且情节严重，可能构成违法行为。在此情况下，相关责任主体（如用人单位或直接责任人）可能面临行政处罚，甚至刑事责任，此时确实可能交由司法机关处理。
   • 若违法行为情节轻微，未造成严重后果，可能首先由劳动行政部门进行行政处罚，如警告、罚款等，而不直接交由司法机关处理。

2. 公司规章制度的违反：

   • 如果签订临时用工协议的行为仅违反了公司内部的规章制度，而未违反国家法律法规，那么处理方式将主要依据公司规章制度来执行。这可能包括内部纪律处分、解除劳动合同等，而不一定涉及司法处理。
   • 然而，如果公司规章制度的内容本身与国家法律法规相抵触，或者公司以规章制度为借口进行非法活动，那么相关行为可能仍然构成违法，从而可能引发司法处理。

3. 造成的后果：

   • 无论违法行为还是违规行为，如果造成了严重后果，如劳动者权益受到严重侵害、社会影响恶劣等，那么相关责任主体更可能面临司法处理。
   • 相反，如果后果轻微或未造成实际损害，那么可能更倾向于通过行政手段或内部纪律处分来解决问题。

法律建议：

• 对于用人单位而言，在签订临时用工协议时，应严格遵守国家法律法规和公司规章制度，确保协议的合法性和有效性。同时，应加强对劳动者的权益保护，避免引发不必要的法律纠纷。
• 对于劳动者而言，如果发现用人单位在签订临时用工协议时存在违法行为或违规行为，应及时向劳动行政部门或相关部门举报，并寻求法律援助以维护自己的合法权益。
• 在任何情况下，如果涉及司法处理，相关责任主体都应积极配合司法机关的调查和处理工作，以减轻或避免法律责任。

可能后果：

• 如果签订临时用工协议的行为构成违法，相关责任主体可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
• 如果仅违反公司规章制度，可能面临内部纪律处分或解除劳动合同等后果。但需注意，如果公司规章制度违法或不合理，劳动者有权提出异议并寻求法律救济。

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