行政协议被确认无效后，赔偿问题的处理需综合考虑协议无效的原因、双方的过错程度以及实际损失情况，以下是对此问题的全面分析：

一、行政协议无效的情形及赔偿原则

行政协议被确认无效，通常是因为协议内容违法、签订程序不当或存在其他重大且明显违法的情形。根据《中华人民共和国行政诉讼法》及其司法解释，以及《中华人民共和国民法典》的相关规定，行政协议无效后，赔偿原则主要包括：

1. 过错责任原则：有过错的一方需赔偿对方因此遭受的损失，包括直接损失和具有可预见性的间接损失。若双方均有过错，则各自承担相应责任。例如，因行政机关超越法定职权导致合作开发项目协议无效，行政机关需对公司前期投入的市场调研、专业团队费用等损失承担赔偿责任，公司若存在过错也需分担部分损失。

2. 恢复原状与折价补偿：原则上应恢复到协议签订前的状态，双方相互返还因协议取得的财产。若财产无法返还或无需返还（如已被消耗、毁损或无法恢复原状），则应进行折价补偿。例如，土地出让协议无效时，出让方应退还受让方已支付的土地出让金，同时受让方需将土地返还给出让方，并对地上未经合法审批的建筑物按具体情况处理。

3. 追缴财产：若双方恶意串通损害国家利益、社会公共利益，所取得的财产应收归国家所有或返还集体、第三人。

二、赔偿的具体情形与处理方式

1. 行政机关过错导致的无效：

   • 若行政机关因超越职权、程序违法或内容违法等原因导致行政协议无效，行政机关应承担主要赔偿责任。赔偿范围包括相对人因协议无效而遭受的直接损失和合理预期的间接损失。
   • 处理方式：行政机关应主动与相对人协商赔偿事宜，若协商不成，相对人可通过行政复议或行政诉讼途径维护自身权益。

2. 相对人过错导致的无效：

   • 若相对人因提供虚假信息、隐瞒重要事实或违反法律法规等原因导致行政协议无效，相对人应承担相应责任。若行政机关因此遭受损失，相对人应予以赔偿。
   • 处理方式：行政机关可要求相对人承担赔偿责任，若相对人拒不履行，行政机关可通过法律途径追偿。

3. 双方均有过错导致的无效：

   • 若双方均存在过错，导致行政协议无效，双方应根据过错程度各自承担相应责任。赔偿范围应限于各自因对方过错而遭受的损失。
   • 处理方式：双方应协商确定赔偿比例和方式，若协商不成，可通过法律途径解决争议。

三、赔偿的法律依据与程序

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国行政诉讼法》第七十五条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第九十九条，明确了行政行为无效的情形及判断标准。
   • 《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第十二条，规定了行政协议无效的确认及法律适用。
   • 《中华人民共和国民法典》中关于合同无效的规定，如第一百四十六条（虚假意思表示）、第一百五十三条（违反法律、行政法规的强制性规定）等，也为判断行政协议是否无效提供了重要参考。

2. 赔偿程序：

   • 当事人应首先通过协商方式解决赔偿问题，若协商不成，可向行政机关提出行政复议申请或向人民法院提起行政诉讼。
   • 在行政复议或行政诉讼过程中，当事人应提供充分证据证明自己的主张，包括协议文本、履行情况、损失证明等。
   • 法院或复议机关将根据事实和法律规定，作出确认协议无效及赔偿责任的裁决。

四、建议与注意事项

1. 依法维权：面对行政协议无效及赔偿问题，当事人应依法维权，通过合法途径解决争议，避免采取过激行为。
2. 保留证据：当事人应妥善保留与行政协议相关的所有证据，包括协议文本、履行记录、损失证明等，以便在争议解决过程中证明自己的主张。
3. 谨慎签订与履行协议：在签订行政协议前，双方应充分了解法律法规和政策规定，确保协议内容合法合规，并对对方主体资格和履约能力进行审查。在履行过程中，发现问题应及时纠正，避免协议被确认无效。

综上所述，行政协议被确认无效后的赔偿问题需综合考虑多种因素，包括协议无效的原因、双方的过错程度以及实际损失情况等。当事人应依法维权，保留证据，并谨慎签订与履行协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。