实际施工人一般不能直接依据发包人与承包人合同中的仲裁条款申请商事仲裁，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
一、一般原则：合同相对性原则
在合同法领域，合同相对性原则是一项基本原则，即合同仅对签订合同的双方当事人具有法律约束力，对合同以外的第三人不产生法律效力。在建设工程合同中，发包人与承包人签订的合同中约定的仲裁条款，仅对发包人和承包人具有约束力。实际施工人并非该合同的当事人，因此，一般情况下，实际施工人不能直接依据该仲裁条款申请商事仲裁。
二、例外情形：实际施工人突破合同相对性的特殊情况
尽管合同相对性原则是基本原则，但在某些特殊情况下，实际施工人可能突破合同相对性，获得一定的法律保护。这主要体现在以下几个方面：
实际施工人直接起诉发包人的情形：
- 根据相关司法解释，实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。这一规定虽然并未直接涉及仲裁条款，但表明在实际施工人权益保护方面，法律给予了一定的特殊考虑。然而，这并不意味着实际施工人可以直接依据发包人与承包人之间的仲裁条款申请仲裁。
实际施工人受让承包人权利的情形：
- 如果承包人将其在合同中的权利全部或部分转让给实际施工人，且该转让行为符合法律规定的条件（如通知发包人等），那么实际施工人可能基于受让的权利，包括仲裁条款中的权利，向发包人主张权利。但这种情况较为特殊，且需要满足严格的法律条件。
发包人、承包人、实际施工人三方达成仲裁合意的情形：
- 如果在实际施工过程中，发包人、承包人、实际施工人三方达成了新的仲裁合意，并签订了相应的仲裁协议或仲裁条款，那么实际施工人可以依据该新的仲裁协议或仲裁条款申请商事仲裁。
三、法律建议
对于实际施工人：
- 在签订建设工程合同时，应尽可能明确自己的法律地位和权利义务，避免陷入法律纠纷。
- 如果发生纠纷，应首先尝试通过协商、调解等方式解决。如果无法解决，且希望申请仲裁，应确保自己符合仲裁条款的适用条件，或者与发包人、承包人达成新的仲裁合意。
对于发包人和承包人：
- 在签订合同时，应明确约定仲裁条款，并确保该条款符合法律规定的形式和实质要件。
- 在合同履行过程中，应严格遵守合同约定，避免给实际施工人造成不必要的损失和纠纷。
在具体案件中：
- 实际施工人能否依据发包人与承包人合同中的仲裁条款申请商事仲裁，还需根据具体案件的事实和法律规定进行综合判断。如果实际施工人认为自己的权益受到侵害，且希望申请仲裁，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。
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