结论：车辆运营合作合同中约定每天上交公司350元流水是否违法，不能一概而论，需结合合同具体内容、行业惯例、法律法规及双方协商情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同内容合法性角度

• 若合同条款明确且双方自愿：合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方在平等、自愿的基础上签订，那么合同中的条款，包括每天上交350元流水的约定，通常是有效的。
• 若合同存在显失公平或欺诈：如果合同中的这一条款是在一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形下订立的，或者存在欺诈、胁迫等情形，导致合同显失公平，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该条款。

2. 行业惯例与合理性角度

• 行业惯例：在车辆运营合作领域，上交流水的做法并不罕见，但具体数额需根据行业惯例、车辆运营成本、收益预期等因素综合确定。如果350元流水上交标准符合当地行业惯例，且双方均认可，则通常不视为违法。
• 合理性：如果350元流水上交标准过高，导致合作方无法获得合理收益，甚至无法覆盖运营成本，那么这一条款可能因显失公平而面临被撤销的风险。

3. 法律法规角度

• 无直接禁止性规定：目前，我国法律法规并未直接规定车辆运营合作合同中不得约定上交流水的具体数额。因此，从法律条文层面看，这一约定本身并不违法。
• 需遵守相关法规：然而，合同双方在履行合同过程中，仍需遵守《中华人民共和国民法典》、《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规的规定，确保合同履行不损害国家、集体或第三人的利益。

4. 实际操作建议

• 审查合同条款：在签订车辆运营合作合同前，务必仔细审查合同条款，确保条款内容明确、合法、合理。
• 协商确定数额：上交流水的具体数额应由双方根据车辆运营成本、收益预期等因素协商确定，避免单方面设定过高或过低的数额。
• 保留证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留相关证据，如流水记录、费用支出凭证等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。

总结：车辆运营合作合同中约定每天上交公司350元流水是否违法，需根据合同内容、行业惯例、法律法规及双方协商情况综合判断。如果合同条款明确、双方自愿、数额合理且符合行业惯例，则通常不视为违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。