在交通事故起诉阶段，若一方不同意二次鉴定，法院通常会根据具体情况作出如下处理：

1. 法院审查鉴定必要性：

   • 法院会首先审查是否确实需要进行二次鉴定。这通常涉及对初次鉴定结论的合理性、科学性及是否存在明显瑕疵的评估。
   • 如果法院认为初次鉴定结论存在明显问题，如程序违法、鉴定机构或鉴定人员不具备相应资质、鉴定结论依据不足等，且这些问题可能影响案件公正处理，那么法院可能会倾向于支持二次鉴定。

2. 不同意方的法律后果：

   • 若法院决定进行二次鉴定：不同意方若拒绝配合，可能面临被法院强制进行鉴定的情况，或者其拒绝行为可能被视为对诉讼权利的放弃，从而承担不利的诉讼后果，如法院可能直接采纳初次鉴定结论作为裁判依据。
   • 若法院认为无需二次鉴定：则不同意方的立场将得到支持，案件将继续基于初次鉴定结论及其他证据进行审理。

3. 法院的自由裁量权：

   • 法院在决定是否进行二次鉴定时，拥有一定的自由裁量权。法院会综合考虑案件的具体情况、双方当事人的诉求及证据情况，以及鉴定对案件公正处理的重要性等因素，来作出最终决定。

4. 当事人的权利与义务：

   • 当事人有权对鉴定结论提出异议，并有权申请二次鉴定。但同时，当事人也有义务配合法院的鉴定工作，提供必要的证据材料，并遵守法院的鉴定程序。
   • 如果当事人无正当理由拒绝配合二次鉴定，法院可能会根据《民事诉讼法》的相关规定，对其采取相应的强制措施，如罚款、拘留等，或者对其提出的异议不予采纳。