公交公司只算运营工时是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、若运营工时等同于实际工作时间，且符合法律规定

如果公交公司所称的“运营工时”实际上就是劳动者实际的工作时间，并且这个时间没有超过法定的工作时间上限（即每日不超过8小时，平均每周不超过44小时，同时保证劳动者每周至少休息1日），同时公交公司也按照法律规定支付了相应的劳动报酬（包括加班费等），那么这种计算方式是合法的。因为法律并未强制要求用人单位必须采用何种具体的工时计算方式，只要实际工作时间和报酬支付符合法律规定即可。

二、若运营工时不等同于实际工作时间，或存在违法行为

1. 运营工时短于实际工作时间：

   • 如果公交公司计算的“运营工时”短于劳动者实际的工作时间，比如劳动者除了驾驶公交车外，还需要进行车辆检查、清洁、维护等工作，但这些时间并未被计入“运营工时”，那么这种计算方式就是不合法的。因为劳动者有权获得与其实际工作时间相对应的劳动报酬，公交公司不能通过不合理的工时计算方式来剥夺劳动者的合法权益。

2. 超过法定工作时间未支付加班费：

   • 如果公交公司的“运营工时”安排导致劳动者的工作时间超过了法定上限，但公交公司并未按照法律规定支付加班费，那么这种行为也是违法的。根据《劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资150%的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资200%的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资300%的工资报酬。

3. 未保证劳动者休息权：

   • 如果公交公司的“运营工时”安排导致劳动者无法获得足够的休息时间，比如连续多日工作未安排休息日，那么这种行为同样违法。因为劳动者有权享受休息和休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。

三、特殊工时制度的适用

如果公交公司实行的是不定时工作制或综合计算工时工作制等特殊工时制度，并且已经依法经过了劳动行政部门的审批，那么其工时计算方式可能会有所不同。但即便如此，公交公司也需要确保劳动者的实际工作时间和报酬支付仍然符合法律的基本要求，不能损害劳动者的合法权益。

建议：如果你认为公交公司的工时计算方式存在问题，或者你的合法权益受到了侵害，你可以先与公交公司进行协商，要求其改正不合理的工时计算方式并支付相应的劳动报酬。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

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