是的，民事案件中书记员用审判员的身份自审自记，属于审判组织的组成不合法。以下从几个方面进行详细分析：
一、审判组织的合法性要求
在民事诉讼中，审判组织必须依法组成，这是确保审判公正、合法进行的基础。审判组织通常由审判员组成合议庭或者由一名审判员独任审判。书记员作为审判辅助人员，其职责是记录庭审过程、整理卷宗等，并不具备审判员的资格和职权。因此，书记员不能替代审判员进行审判活动，更不能以审判员的身份自审自记。
二、自审自记的违法性
违反法定程序：自审自记的行为明显违反了民事诉讼法的相关规定，破坏了审判程序的合法性和公正性。审判程序是保障当事人诉讼权利、确保审判公正的重要环节，任何违反法定程序的行为都可能对审判结果产生不利影响。
损害当事人权益：自审自记可能导致审判过程缺乏必要的监督和制约，增加审判错误的风险。当事人的诉讼权利可能因此受到侵害，如陈述权、辩论权等无法得到充分保障。
影响司法公信力：审判组织的合法性是司法公信力的重要基础。自审自记的行为会严重损害司法公信力，降低公众对司法制度的信任度。
三、法律后果
审判结果可能被撤销：如果自审自记的行为被确认，那么基于该行为所作出的审判结果可能因程序违法而被撤销或改判。
相关人员可能承担法律责任：参与自审自记的书记员以及其他相关人员，可能因违反法律规定而承担相应的法律责任，如纪律处分、法律责任追究等。
四、建议与措施
加强审判组织管理：法院应加强对审判组织的管理和监督，确保审判组织的合法性和公正性。对于违反规定的行为，应及时予以纠正和处理。
提高法律意识：审判人员和其他司法工作人员应提高法律意识，严格遵守法律规定和审判程序，确保审判活动的合法性和公正性。
保障当事人权益：在审判过程中，应充分保障当事人的诉讼权利，确保当事人能够充分行使陈述权、辩论权等权利，维护自身合法权益。
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