农民工在讨薪过程中遭遇威胁，应当立即采取以下措施来维护自身合法权益：
确保自身安全：
- 在遭遇威胁时，首要任务是确保自身的人身安全。如果威胁行为严重，如涉及暴力或恐吓，应立即报警，并尽可能保留相关证据，如录音、录像或目击者证言。
收集证据：
- 农民工应尽可能收集与讨薪相关的所有证据，包括劳动合同、工资条、工作记录、与雇主的沟通记录等。这些证据在后续的法律程序中至关重要，能够证明农民工与雇主之间的劳动关系以及雇主拖欠工资的事实。
- 若遭遇威胁，也应尽量收集威胁行为的证据，如威胁的短信、录音、录像等，以便在需要时向警方或劳动监察部门提供。
向劳动监察部门投诉：
- 农民工可以向当地的劳动监察部门投诉雇主的拖欠工资行为以及威胁行为。劳动监察部门有权对雇主进行调查，并要求其支付拖欠的工资。同时，如果雇主存在威胁行为，劳动监察部门也可以依法对其进行处理。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理未能满足农民工的诉求，农民工可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法对争议进行裁决，并要求雇主支付拖欠的工资及可能的赔偿。
- 在申请劳动仲裁时，农民工应提交详细的仲裁申请书，并附上所有相关证据。仲裁委员会将依法进行审理，并作出裁决。
寻求法律援助或提起诉讼：
- 如果农民工对劳动仲裁结果不满意，或者雇主拒绝履行仲裁裁决，农民工可以寻求法律援助，向法院提起诉讼。法院将依法对案件进行审理，并作出判决。
- 在诉讼过程中，农民工应积极配合律师的工作，提供必要的证据和材料，以便法院能够全面、客观地了解案件事实，并作出公正的判决。
了解并利用相关法律法规：
- 农民工应了解并熟悉《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，以便在讨薪过程中能够依法维护自己的权益。
- 例如，根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果雇主违反这一规定，农民工有权要求雇主支付拖欠的工资，并可能获得相应的赔偿。
在采取上述措施时，农民工还应注意以下几点：
- 保持冷静和理性：在讨薪过程中，农民工应保持冷静和理性，避免与雇主发生冲突或暴力行为。通过合法途径维护自己的权益是最有效的方式。
- 及时咨询专业律师：如果农民工在讨薪过程中遇到法律难题或不确定如何操作，应及时咨询专业律师。律师能够提供专业的法律意见和帮助，确保农民工的权益得到充分保障。
若农民工在讨薪过程中遭遇威胁，不要害怕或退缩。通过合法途径维护自己的权益是每个劳动者的权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。