结论前置：员工在公司有违法行为的情况下离职，一般仍需办理交接手续，但具体情形需结合违法行为的性质、员工是否参与及劳动合同或公司规章制度的规定来综合判断。以下分情况详细说明：

1. 公司违法行为与员工个人工作无直接关联
   若公司的违法行为（如财务造假、偷税漏税、环境污染等）与员工的具体工作职责无关，且员工未参与或不知情，则员工离职时仍应按照劳动合同或公司规章制度的要求办理工作交接。这是基于《劳动合同法》中关于“劳动者应当按照双方约定，办理工作交接”的规定，也是员工履行合同附随义务的体现。若员工拒绝交接，可能面临公司追究违约责任的风险。

2. 公司违法行为涉及员工个人职责范围
   若公司的违法行为与员工的工作内容直接相关（如员工负责财务造假的具体操作），且员工明知或应知公司行为违法仍参与其中，则员工可能构成共同违法或从犯。此时，员工离职时虽仍需办理交接，但需注意：

   • 交接内容限制：员工不得通过交接转移、隐匿或销毁与违法行为相关的证据材料，否则可能涉嫌毁灭证据或妨碍司法程序，需承担法律责任。
     
   • 法律后果承担：员工可能因参与违法行为被行政处罚（如罚款、拘留）或刑事追责（如共同犯罪），此时交接义务的履行需以配合调查为前提，可能需在司法机关允许的范围内进行。

3. 公司以违法行为胁迫员工离职
   若公司以违法行为（如拖欠工资、强迫劳动、威胁人身安全等）胁迫员工离职，员工有权拒绝办理交接并立即向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。根据《劳动合同法》第38条，员工因公司违法行为被迫解除劳动合同的，无需提前通知，且有权要求公司支付经济补偿。此时，交接义务因公司违法行为而免除，员工应优先保护自身合法权益。

实务建议：

• 员工离职前应留存与公司违法行为的证据（如邮件、聊天记录、文件等），以备后续维权或配合调查使用；
  
• 若公司拒绝支付工资或经济补偿，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司履行义务；
  
• 若员工因参与公司违法行为被调查，应如实陈述事实，避免因隐瞒或伪造证据加重法律责任。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您提供详细解答。