若法院认为第三人应当作为被告，但原告只是将第三人作为独立请求的第三人，此时的处理方式主要取决于案件的具体情况和法院的判断，以下从不同角度进行分析：

1. 法院的释明与原告的选择

   • 法院释明：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在审理案件过程中，如果发现原告对诉讼主体的列明存在错误或不当，例如将本应作为被告的当事人列为独立请求的第三人，法院有义务向原告进行释明，告知其正确的诉讼主体身份及相应的法律后果。
   • 原告选择：在法院释明后，原告有权选择是否变更诉讼请求，即将独立请求的第三人变更为被告。如果原告同意变更，则案件继续按照新的诉讼主体关系进行审理；如果原告拒绝变更，法院将根据案件事实和法律规定，作出相应的判决或裁定。

2. 法院的直接处理

   • 若原告拒绝变更：在原告拒绝将独立请求的第三人变更为被告的情况下，法院可能会根据案件的具体情况，直接判决驳回原告的诉讼请求（如果独立请求的第三人确实不应承担原告所主张的民事责任），或者根据案件事实和法律规定，对案件进行实体处理，但此时的处理结果可能仅限于对原告与原被告之间法律关系的判断，而不涉及独立请求的第三人。然而，这种处理方式可能并非最优，因为它可能无法全面解决案件争议，导致后续诉讼或执行上的困难。
   • 法院依职权追加：在特定情况下，如果法院认为独立请求的第三人实际上应当作为被告参与诉讼，且该第三人的参与对案件的公正审理至关重要，法院也可能依职权追加该第三人为被告，并通知原告和其他诉讼参与人。但这种情况相对较少见，且需要严格符合法律规定的条件。

3. 法律后果与风险提示

   • 法律后果：如果原告未将本应作为被告的当事人列为被告，而是列为独立请求的第三人，且法院未进行释明或原告拒绝变更，可能导致案件无法全面、公正地审理，进而影响原告的合法权益。此外，如果独立请求的第三人实际上不应承担原告所主张的民事责任，原告的诉讼请求可能被驳回。
   • 风险提示：作为原告，在提起诉讼时，应仔细审查案件事实和法律规定，确保诉讼主体的列明准确无误。如果对诉讼主体的身份存在疑问或不确定，应及时咨询专业律师，以避免因诉讼主体列明不当而导致的法律风险。

总结与建议：在面临此类情况时，原告应积极配合法院的释明工作，并根据案件事实和法律规定，合理选择诉讼主体。如果原告对诉讼主体的身份存在疑问或不确定，建议及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。同时，法院在审理案件时，也应充分履行释明义务，确保案件的公正、高效审理。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。