结论：员工挪用公款后公司注销，不影响对挪用公款行为的追究，可通过刑事诉讼追究犯罪嫌疑人责任，并通过民事诉讼要求相关责任人赔偿损失。
一、刑事责任追究
挪用公款行为的性质：
- 员工挪用公款，若数额较大且未归还，可能构成挪用资金罪。这一行为侵犯了公司的财产权，属于刑事犯罪范畴。
公司注销对刑事责任的影响：
- 公司注销并不意味着犯罪行为的消失或责任的免除。司法机关仍可对挪用公款的犯罪嫌疑人进行调查，并依法追究其刑事责任。
- 即便公司主体已经消灭，司法机关仍可通过调查犯罪嫌疑人的个人财产状况，依法执行财产偿还，以追回被挪用的资金。
协助犯罪的责任：
- 若有其他责任人协助、参与挪用资金的行为，他们也将依法被追究刑事责任。这体现了法律对共同犯罪的严厉打击。
二、民事责任追究
刑事附带民事诉讼：
- 在刑事诉讼过程中，因挪用资金给公司或其他权利人造成损失的，受害者可通过刑事附带民事诉讼索赔。这有助于受害者及时获得经济赔偿，减轻损失。
公司注销后的民事责任：
- 公司注销后，其股东等相关方在一定条件下可能仍需对公司债务担责。若挪用资金行为导致公司债务无法清偿，股东等相关方可能需在其责任范围内赔偿挪用资金造成的损失。
- 受害者可通过民事诉讼要求这些责任人在其责任范围内进行赔偿。这体现了法律对公司债务责任的明确划分和保护受害者权益的原则。
三、具体操作建议
收集证据：
- 在发现员工挪用公款后，公司应尽快收集相关证据，如银行转账记录、财务账目、员工证言等。这些证据将有助于后续刑事诉讼和民事诉讼的进行。
报警并配合调查：
- 公司应向公安机关报案，并积极配合司法机关的调查工作。提供必要的协助和信息，以便司法机关能够迅速查明事实真相，依法追究犯罪嫌疑人的责任。
咨询专业律师：
- 在处理此类复杂法律问题时，建议公司咨询专业律师的意见。律师将能够提供全面的法律分析和建议，帮助公司制定合适的诉讼策略，并维护公司的合法权益。作为张长波律师，我专注于知识产权、专利权、商标权、著作权领域，同时也对公司法务有深入的了解，有问题可以直接向我咨询。
四、可能面临的法律后果
对犯罪嫌疑人的法律后果：
- 若犯罪嫌疑人被认定构成挪用资金罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。这将对其个人声誉和未来职业发展产生严重影响。
对协助犯罪者的法律后果：
- 协助犯罪者也将依法被追究刑事责任，可能面临与犯罪嫌疑人相似的法律后果。这体现了法律对共同犯罪的严厉打击和公平正义的原则。
对公司的法律后果：
- 虽然公司注销本身不直接导致法律后果，但若因挪用资金行为导致公司债务无法清偿，股东等相关方可能需承担民事责任。这将对公司股东等相关方的财产权益产生影响。