结论前置：若在不知情的情况下对方将发票开具至您公司，您可按以下步骤处理，同时需根据不同情况采取相应措施以避免法律风险。

1. 核实发票真实性及业务关联性

• 第一步：立即核对发票内容（如开票方、金额、服务/货物名称）是否与您公司实际业务相关。
  
  • 若发票内容与您公司无关（例如您未购买相关服务或商品），可能涉及虚开发票风险。根据《发票管理办法》第二十二条，虚开发票包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，您需警惕被卷入税务违法。
    
  • 若发票内容部分相关（例如对方误将您公司列为购买方），需进一步确认是否为合同相对方或业务往来方的操作失误。

2. 联系开票方要求更正或作废

• 第二步：若发票确属错误开具（如开票方误填您公司名称），应要求对方：
  
  1. 作废原发票（若为当月开具且未认证）：根据《增值税专用发票使用规定》，开票方可在开票当月通过系统作废发票，并重新开具正确发票。
     
  2. 开具红字发票（若已跨月或已认证）：需由开票方提交《红字增值税专用发票信息表》，经税务机关审核后开具红字发票冲销，再重新开具正确发票。
     
• 注意：若对方拒绝配合，您可留存沟通记录（如邮件、录音），作为后续维权证据。

3. 处理已认证发票的税务风险

• 第三步：若您公司已将该发票认证抵扣，需立即：
  
  1. 转出进项税额：根据《增值税暂行条例》第十条，用于非增值税应税项目、免征增值税项目等的进项税额不得抵扣。若发票与您公司无关，需在认证当月通过税务系统做“进项税额转出”，避免被税务机关认定为偷逃税款。
     
  2. 申报异常：在增值税纳税申报表中，将该发票涉及的进项税额填入“不得抵扣进项税额”栏次，并附说明材料。

4. 防范潜在法律责任

• 第四步：若对方虚开发票意图利用您公司“走账”或逃避税务，您可能面临：
  
  1. 行政责任：根据《税收征收管理法》第六十三条，若您公司被认定为“让他人为自己虚开发票”，税务机关可追缴税款、加收滞纳金，并处50%至5倍罚款。
     
  2. 刑事责任：若虚开发票金额较大（如虚开税款数额1万元以上），可能触犯《刑法》第二百零五条，构成虚开增值税专用发票罪，您公司及相关责任人可能被追究刑事责任。
     
• 建议：立即向主管税务机关报告情况，说明发票来源及处理过程，留存书面报告回执，证明您公司无主观故意。

5. 完善内部管理避免再次发生

• 长期措施：
  
  1. 加强财务审核：要求财务人员对收到的发票进行“三流一致”（合同流、资金流、货物流）核查，拒绝接收与业务无关的发票。
     
  2. 建立供应商黑名单：对频繁出错或涉嫌虚开的供应商，在系统中标注并限制合作。
     
  3. 培训员工：组织业务、财务部门学习发票管理法规，明确“不得为他人虚开发票，也不得接受他人虚开发票”的红线。

总结：发现不知情发票后，需优先核实业务关联性、联系开票方更正、处理税务申报异常，并防范法律责任。若对方涉嫌恶意虚开，务必及时向税务机关报告。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。