漏扣工程款与扣增项费用是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同约定角度

1. 合同有明确约定：

   • 如果双方签订的工程合同中明确约定了工程款的支付方式、时间、条件，以及增项费用的处理方式，那么双方应严格按照合同约定执行。
   • 若合同中规定，在漏扣工程款的情况下，发包方有权从后续工程款或增项费用中扣除相应金额以弥补损失，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除行为是合法的。
   • 反之，如果合同中没有此类约定，或者约定不明确，那么发包方单方面从增项费用中扣除漏扣的工程款可能构成违约，需要承担相应的违约责任。

2. 合同无明确约定或约定不明确：

   • 在合同没有明确约定或约定不明确的情况下，双方应首先通过协商解决争议。
   • 如果协商不成，可以依据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，通过诉讼或仲裁等法律途径解决。在此情况下，发包方单方面扣除增项费用以弥补漏扣的工程款，可能缺乏法律依据，难以得到法律的支持。

二、法律法规角度

1. 合法扣除的情形：

   • 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，如果发包方因承包方的原因（如工程质量问题、工期延误等）遭受了损失，且该损失与漏扣的工程款有直接关联，那么发包方有权在合理范围内要求承包方承担赔偿责任。
   • 在这种情况下，如果双方协商一致，或者通过法律途径确认了承包方的赔偿责任，那么发包方从增项费用中扣除相应金额以弥补损失，可以视为合法行为。

2. 非法扣除的情形：

   • 如果发包方无正当理由单方面扣除增项费用，或者扣除的金额超过了其实际遭受的损失，那么这种行为可能构成违法。
   • 承包方有权要求发包方返还非法扣除的款项，并可能要求发包方承担因此造成的损失赔偿责任。

三、实际操作建议

1. 审查合同条款：

   • 在处理此类争议时，首先应仔细审查工程合同的条款，特别是关于工程款支付、增项费用处理以及违约责任等方面的约定。

2. 协商解决：

   • 在合同有约定或约定不明确的情况下，双方应首先尝试通过协商解决争议。协商过程中，可以邀请第三方机构或专业人士进行调解或提供咨询意见。

3. 法律途径：

   • 如果协商不成，双方可以依据相关法律法规，通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。在此过程中，应充分准备证据材料，以支持自己的主张。

总结来说，漏扣工程款是否可以扣增项费用，取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。在处理此类争议时，建议双方首先审查合同条款，尝试通过协商解决争议；如果协商不成，可以寻求法律途径解决。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。