结论：工程款付多了，直接扣车是不合法的。

分析：

1. 法律关系角度：

   • 工程款支付与车辆扣押是两个独立的法律关系。工程款支付是基于建设工程合同产生的债权债务关系，而车辆扣押则涉及到物权法中的占有、使用、收益和处分权。
   • 除非双方在合同中明确约定了工程款支付不足或过多时的特定处理方式（如扣押车辆等），否则，一方不能单方面采取扣押车辆等强制措施来解决问题。

2. 物权法角度：

   • 根据物权法的相关规定，车辆作为动产，其所有权受法律保护。未经车辆所有权人同意，任何单位或个人不得擅自扣押、处置车辆。
   • 如果因工程款支付问题而擅自扣押车辆，可能构成对车辆所有权人的侵权，需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失等。

3. 合法解决途径：

   • 如果工程款确实付多了，双方应当首先通过友好协商的方式解决。可以协商退还多付的工程款，或者通过其他合法方式（如签订补充协议）来调整双方的权利义务关系。
   • 如果协商不成，可以通过法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。在法律程序中，法院或仲裁机构会根据双方提供的证据和法律规定来作出公正的裁决。

建议：

• 在处理工程款支付问题时，双方应当严格遵守合同约定和法律规定，确保工程款的支付和结算合法、合规。
• 如果出现工程款支付过多或不足的情况，应当及时与对方沟通协商，寻求合法、合理的解决方案。
• 如果协商不成或对方拒绝配合，可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。在此过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。

后续行动：

• 如果您已经遇到了工程款付多且对方拒绝退还的情况，建议您收集相关证据（如合同、支付凭证、沟通记录等），并尽快咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略。
• 在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，避免采取过激或违法的行为来解决问题。