项目违规了，工程款是否还全额发放并不合法，这取决于违规的性质、合同条款以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、违规性质与工程款发放
轻微违规：
- 如果项目的违规行为较为轻微，且未对工程质量、安全或进度造成实质性影响，那么根据合同条款和双方协商，可能仍有权获得全额或部分工程款。但这种情况下，通常会有相应的扣款或罚款条款来约束违规行为。
严重违规：
- 如果项目的违规行为严重，如违反了建筑法规、安全标准或环保要求，且对工程质量、安全或进度造成了实质性损害，那么发包方有权根据合同条款和相关法律法规，拒绝支付或扣减部分工程款。在极端情况下，甚至可能追究承包方的法律责任。
二、合同条款的约定
- 合同明确性：合同中是否明确规定了违规行为的处理方式和工程款支付条款是关键。如果合同中有明确约定，那么双方应严格按照合同执行。
- 合同模糊性：如果合同中对违规行为的处理方式和工程款支付条款约定不明确，那么双方可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决争议。
三、相关法律法规的规定
建筑法：
- 根据《中华人民共和国建筑法》的相关规定，承包方必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得偷工减料。如果承包方违反了这些规定，发包方有权要求其承担相应的法律责任，并可能扣减工程款。
合同法：
- 根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，如果承包方未按照合同约定履行义务，发包方有权要求其承担违约责任，包括但不限于扣减工程款、要求赔偿损失等。
四、法律建议与后果
法律建议：
- 对于承包方而言，应严格遵守合同条款和相关法律法规，确保项目合规进行。如果发生违规行为，应及时与发包方沟通并采取补救措施，以减少损失。
- 对于发包方而言，应在合同中明确约定违规行为的处理方式和工程款支付条款，以便在发生争议时有据可依。同时，在发现承包方违规行为时，应及时采取措施保护自身权益。
法律后果：
- 如果承包方因违规行为导致工程款被扣减或拒绝支付，可能会面临资金链断裂、项目停滞等风险。
- 如果发包方因未按照合同约定支付工程款而引发争议，可能会面临诉讼风险、声誉损害等后果。
综上所述，项目违规了并不意味着工程款可以全额发放。是否合法以及能否全额发放取决于违规的性质、合同条款以及相关法律法规的规定。因此，在项目实施过程中，双方应严格遵守合同条款和相关法律法规，确保项目合规进行。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。